只是对于如何处理他们两个，朱允炆乃至大明朝廷，都觉得很棘手。
朱允炆成为储君之后，就开始经营漠南和东北，通过建设绥远城将西北部防线北移到阴山一线，再加上大同、开平和大宁三城，牢牢的控制了漠南草原；另外通过归化女真和平叛朝鲜，又将松花江以南的领土收入囊中，然后为了堵住了漠南草原通往东北的通道，派老将郭英修建通辽城，最后加上在眺河上游即朵颜三卫故地建立的据点，初步稳定了东北。
但是大明对于漠南和东北的统治都是非常脆弱的，从表面来看，女真已经归化了大部，但从实际上来看，零星的反叛仍然层出不穷，离真正的归心，还差的很远；而漠南草原的牧民更是如此，他们仍然希望漠北的黄金家族能够打回来，当听说哈尔固楚克、额勒伯克被擒获，送往京城后，漠南草原一片悲声，这些都是非常危险的信号。
所以一旦大明在漠南和东北出现一丝颓势，那么形势就会立刻翻转。
当然解决这种问题的最好办法就是彻底击败瓦剌，控制漠北乃至漠西，但目前来说，并不现实。
朱允炆执政以来，对漠北出击了两次，一次是宁王和傅友德，一次是徐辉祖、徐增寿，前者如果不是耿璇在漠北的战果以及绥远城的筑城成功，完全就是一场惨败，颖国公傅友德战死，兵将损失达六万多人；后者虽然达到了目的，重创了黄金家族，擒获了额勒伯克，但却不敢在漠北立足，只能仓皇逃回长城，这样漠北便落入了乌格齐的手中，徐辉祖的两万大军回到长城的只有一万二千多人，其余的人都埋骨在苍茫的大漠和草原。
在这种情况下，朱允炆不敢派兵出击漠北，朱允炆知道，自己不是朱元璋，没有洪武帝那种惊天的军事才华，可以在京师遥控指挥徐达、李文忠、沐英这些将军远征漠北；自己也不是朱棣，可以亲自率领数十万大军，在草原上追亡逐北。虽然朱允炆很注意锻炼身体，也能纵马奔驰，但是与朱棣相比，根本就不是一个数量级的水平。
虽然朱允炆凭借火炮和人数优势堆死了朱棣，但是明军战力下降也是不争的事实，这里面有部分洪武帝杀戮功臣的缘故，但是即使他们活下来，如今也不能再上战场了，而他们的子嗣中，能用的不过如徐辉祖、常升、瞿能等寥寥数人。而平安、盛庸、李远、王忠等人都是火线提拔，越过长城到草原上征战，朱允炆心里完全没有底。
而且漠北征战只能依靠骑兵，但朱允炆能够依靠的只有四个骑兵军，但是除了组建最早的第三、第五骑兵军是满员的两万人外，后组建的第八、第九两个骑兵军都只有一万多人，远远没有补充完毕。这些骑兵可以说是朱允炆的宝贝疙瘩，如果他们全部葬送在草原，朱允炆只能再等待至少五到十年，甚至有可能彻底放弃北上了。
所以在朱允炆看来，最好的办法是守住漠南，同时开拓东北，但这都需要时间，而这段时间里，和瓦剌保持良好的关系是非常必要的。
而且，征战漠北从经济上是非常不合算的，投入大，产出小，甚至有可能是副产出。
所以当得知瓦剌参与楚王之乱之后，朱允炆处理的非常谨慎，首先严刑拷问了楚王的部下，最后从楚王心腹程无极及其义子宋天源那里得到了证实，确实有一个叫斯钦都日的使者拜见过楚王，而叛将洛海潮也证实，斯钦都日是他下令沉到江里的，只可惜当时现场的士兵都被洛海潮以各种理由处死，旁证还没有找到。
然后朱允炆派人去询问额勒伯克和哈尔固楚克，哈尔固楚克由于被俘过早，所以并不知道这件事情，而额勒伯克则表示他根本不知道此事，认为很可能是乌格齐的自作主张，对于这个回答，朱允炆有些失望，也有些无奈。
而瓦剌使者阿尔斯楞则坚决否认了瓦剌曾经派出过使者挑拨楚王谋逆，称这是小人的污蔑，坚称瓦剌与大明并无冤仇，有冤仇是黄金家族，所以瓦剌断不会做出这种亲者痛、仇者快的事情来，面对激动异常的阿尔斯楞，手头没有证据的礼部官员也只能表示是个误会，所以朱允炆对瓦剌还是以安抚为主，答应了他们互市的要求，感谢他们对帖木儿可能东侵的预警，也没有提要乌格齐臣服的事情，因为他知道这件事根本不可能。
此事过后不久，额勒伯克上书要出家为僧，潜修佛法，朱允炆闻听后自然应允，亲自出面请高僧道成收其为徒，道成犹豫再三才终于应允，为额勒伯克取法号“觉空”，侍卫胡其图为照顾额勒伯克，也随之出家，法号“觉远”。
三月初二，道成北上游历，觉空随行，哈尔固楚克得知后追到江边，与兄长洒泪而别......
同一天，瓦剌使者阿尔斯楞向朱允炆请辞北上，返回草原，朱允炆派翰林学士王艮一路陪同，将其送出边关。
在某种程度上来说，即使如今朱允炆下令出征漠北，其手下的将军们也会奋勇争先，平安、瞿能、瞿陶、耿璇、宋瑄等人都是能征善战的猛将，因为出征漠北在历朝历代发生过多次，汉之卫青、霍去病、窦宪，唐之李靖、李绩、苏定方，本朝的徐达、常遇春、李文忠、蓝玉等人都是其中翘楚，所以武将们也摩拳擦掌，希望自己也能名列其中。
至于倭国，则是完全不同的概念，因为倭国还没有被外来者征服的历史，这一点让倭国人甚为自豪。
华夏和倭国总共发生过两次战争，第一次是唐朝平定高丽时双方在白江口发生的海战，这一战以倭国惨败告终，为抵御唐朝入侵，倭国在整合国力的同时，在西北海岸建立是工事防御唐军登陆，不过好在唐军没有入侵日本的意思；第二次则是元世祖时期的攻倭，这次攻倭分为两次，都以失败告终。
白江口惨败，让倭国向唐朝派出了大量的遣唐使，学习唐朝的文化和政治体制；击败元军的进攻，则让倭国意识到了自己的强大，其精良的武士刀在战斗中发挥了巨大的作用，在近身格斗中，蒙古族的武士都不是倭国武士的对手，更不用说当时的汉军了。
基于种种考虑，即使倭国卷入了胡惟庸谋逆案中，洪武帝朱元璋仍然将其设为不征之国，只可惜这除了助长倭国的气焰之外，没有什么用处。
虽然朱元璋建立了庞大的水师和沿海卫所，但倭寇的袭扰却一直无法根除，派使者晓瑜倭国，也没有太大的用处。
朱允炆开海之后，排除水师大力清剿倭寇，取得了一定的效果。但是自济州岛海战，倭国和朝鲜联军惨败之后，倭寇又开始猖獗起来。
为惩罚倭国，朱允炆提出了倭国赔偿白银五百万两，割让石见银山的条件，也许是这个条件激怒了倭国人，倭国人选择了支持楚王谋乱，在六合山与李景隆袭击圣驾，这一点让大明朝廷愤怒不已，要求足利义满到京师来领罪，同时赔偿白银一千万两、割让九州的条件，但倭国使者回国后，则消息全无，有的只是倭寇袭扰变得更加频繁。
在如何处理倭国的问题上，朝臣分为两派，一派以为应该遵循洪武旧制，清剿倭寇，同时拒绝倭国前来朝贡，这本质上相当于禁止与倭国的贸易；另一派则以为，倭国罪无可恕，从问题严重程度上说，倭国所犯的罪行比朝鲜要严重的多，不能不进行惩戒，否则天朝的威严何在？
之所以分为两派，还是因为大家心里没底，当初与朝鲜开战时，反对的人并不多，因为大家都知道，赢面非常大，输的可能性很小。但是征伐倭国，就另当别论了，跨海远征，不确定因素太多了，如果在关键时刻再来一次“神风”，增援和补给送不上去，恐怕就要重蹈忽必烈的覆辙啊！
不过在朱允炆看来，完全征服倭国有些困难，但如果只占领九州岛，应该还是有一定的把握的，而朱允炆的目标很简单，那就是石见银山。
朱允炆需要白银，需要大量的白银，因为经济的发展必然需要同等或者更多规模的货币支撑，否则就会陷入通货紧缩，而这一点，在建文六年之后，已经变得越来越明显......