确定将锦衣卫的职能转向情报，朱由检道：
“以后北司房负责情报搜集，南司房负责内部管理，东司房负责缉拿不法官员，西司房负责抓捕盗贼。”
“侍卫司警卫司负责护卫，监察司负责刑名，刑狱司负责诏狱。”
“都明白了没有？”
在场锦衣卫高层齐声回应明白，知道皇帝虽然弱化了锦衣卫诏狱职能，却没有弃用锦衣卫的意思。反而要对锦衣卫大用，所以完全重建。
重建完成之后，为了给外廷一个交待，朱由检又下令道：
“以后锦衣卫的全称是锦衣卫监，属于内廷衙门。”
“锦衣卫指挥使是锦衣卫监掌印，指挥同知、指挥佥事是锦衣卫监提督、协理、佥书。”
“都听明白了吗？”
这样做的用意，就是把锦衣卫的掌控权完全从外廷剥夺回来，众人当然明白。
如果是之前，他们对于自己变成内廷十二监、上林苑监那样的衙门还会产生抵触，现在就完全不一样了。
皇帝确定要大用锦衣卫，锦衣卫设置的那么多机构也能独立运行，何必再看外廷脸色。
众人齐声应诺，郑士毅提出一个问题，询问皇帝道：
“陛下，锦衣卫的钱粮需要朝廷拨付。”
“锦衣卫监该如何解决？”
朱由检早就想过这一点，说道：
“锦衣卫所有世官都转为金吾卫寄禄，有金吾卫世职和加衔的，让外廷发放俸禄。”
“金吾卫消耗的钱粮数量，南司房做好总结。”
这下众人更佩服了，以为皇帝虚置金吾卫的用意。就是用外廷的钱粮，为内廷养着锦衣卫。
不过他们的想法却不准确，朱由检接下来又规定了各级锦衣卫官员的俸禄，规定所有在锦衣卫任职的人员，都按品级发俸。有世职或加衔的锦衣卫官员，可以说领双俸。
这让一些人很是迷惑，不知皇帝为何这么大方。
却不知在朱由检看来，只有掌握钱粮，才能控制好锦衣卫。否则锦衣卫的钱粮一直被外廷控制着，免不了还要受到外廷制约，最终丢失控制。
金吾卫设立的用意，也远远不是寄禄那么简单。
朱由检想的是以后朝廷钱粮紧张时，完全可以拖欠金吾卫那些寄禄人员的俸禄，降低他们的本色比例、发放半俸甚至更低。
相比他们来说，九边的军人才更需要钱粮，而且不能拖欠。
为九边欠饷忧心忡忡，朱由检想尽一切办法搜刮钱财。
打算把节省开支的第一刀，砍向寄禄官员。
这些人有家有业，大多比较富裕。他们的俸禄比较高，只要不完全停发，就能让他们活下去。
而且世职的存在，也让他们不舍得脱离朝廷，会想着只要朝廷熬过困难，就能补足俸禄。
所以朱由检很大方地给锦衣卫所有官员发放俸禄，让他们好好干活。免得金吾卫寄禄减少之后，他们没干活的心思。
锦衣卫新设置的五六品司长厅长，相比三四品的指挥，俸禄要低多了。
和外廷打好配合，能降低锦衣卫钱粮负担。
而且以后锦衣卫钱粮完全由内廷承担的话，应该能让外廷接受锦衣卫脱离掌控的事实。
产生这个想法，是因为朱由检看到锦衣卫的数量后，觉得他们的钱粮消耗实在太多——
锦衣卫有品级的官员大约两千人，虚职寄禄的能达到三四成，大多在百户以上。
十七千户所一万七千多人，加上从其它途径招收扩充的，大概有三万六千多人。
这三万六千多人是需要朝廷发粮饷的，如果再算上依附锦衣卫的人员，还有地方人员，锦衣卫影响和控制的人员，总数能有十多万人。
世宗嘉靖皇帝刚登极时，文官清理锦衣卫，革除锦衣卫冒滥军校三万余人，革除锦衣卫所及监局寺厂司库、旗校、军士、匠役投充新设立者，共十四万八千余人。
这是他刚刚即位被杨廷和掌权的情况，后来陆炳执掌锦衣卫时，锦衣卫人员恢复了不少，又回到了曾经的规模。
万历后期曾经少了一点，天启年间又恢复了。
户部少了这个负担，应该会很高兴。兵部没办法变出钱粮，应该也没话说。
『三万六千多人的钱粮，每年需要四五十万石。』
『内廷多了这个开支，以后要想办法！』
朱由检承担这个消耗压力自然很大，但是为了换取锦衣卫掌控权，切断外廷插手锦衣卫的触角，只能咬牙承受。
所以他调整锦衣卫的第一件事，也是把他们的官阶全部削去，除了天启以前的世职没有动外，其他人的世职也要重新任命。像嘉靖皇帝一样，先革除冒滥军校。
这样就能够严格限制官员品级，节省钱粮消耗。
同时对锦衣卫内部的蛀虫，朱由检也打算清理一遍，罚没一些钱粮。把他们掌控的土地收回来，和收缴的阉党官员土地一起，拨给那些冒滥军校屯田。让锦衣卫自己解决粮食消耗，自己只负责发钱。
这些打算，不用向臣子详说。朱由检接下来道：
“锦衣卫十七千户所的管理，以后由南司房负责。”
“每个千户所设正五品千户一人，从五品副千户两人，正六品百户十人，从六品所镇抚两人。”
“这十五名官员都从金吾卫世官中选取，南司房每五年考察一次，合格的提拔，不合格退回金吾卫。”
锦衣卫众官心中一紧，知道这样一来，锦衣卫相当于完全没有世官。只是官员选拔的范围，限定为有世职的官员。
估计其他的官员，也是这样选拔。
果然，接下来朱由检又说道：
“新设官职的人选，尽量从世官中选取。”
“金吾卫没有人胜任的，再从京卫、北直隶卫所、九边卫所等地方卫所世官选拔，把可靠性放在第一位。”
“在锦衣卫任职的，可以参与锦衣卫事务。不在锦衣卫世职的，不允许他们打探。”
“各司房、各司、各厅都设立办公室独立运转，不允许其他部门随意打探。”
“保密四厅做好锦衣卫内部保密，确保除了锦衣卫指挥之外，其他人无法跨部门打探。”
强调了锦衣卫的纪律，朱由检估算了一下官员数量，说道：
“北司房的官员，控制在一千人以下。”
“南司房的官员，包括十七千户所在内，控制在四百人以下。”
“东司房、西司房的官员，各控制两百人左右。”
“锦衣卫全体官员，不得超过两千人。”
定下官员总数，朱由检又向众人道：
“所有世官的品级作为加衔使用，担任的实际职务降三品。”
“然后在这个初始品级的基础上，根据曾经的功绩，授予更高官职。”
“所有官员宁缺毋滥，除了司和厅至少有一位副职外，其余副职可以暂不任命。”
“接下来，郑士毅、戚昌国、李顺祖、刘侨四位锦衣卫指挥，和秉笔太监王文政一起，对锦衣卫进行审查，确定机构编制，重新任命官职。”
“五人无法确定的地方，上交御前决断。”
郑士毅、戚昌国、李顺祖领命应诺，郑士毅又询问道：
“陛下，如今东司房、北司房、南司房都有提督。”
“西司房提督要不要定下来，方便进行审查。”
朱由检摇了摇头，说道：
“西司房的事情朕另有决断，暂时维持原样，由李顺祖兼管。”
“先在东司房审查出一个大队，帮助朝廷官员抓捕阉党。再把刑狱司和监察司定下来，羁押官员和审查锦衣卫内部人员。然后是南司房、北司房、东司房，最后才是西司房。”
定下调整顺序，朱由检让他们立下考成法，限期完成整编，恢复锦衣卫运转。
他需要一支高效的锦衣卫，搜集大明情报，了解大明现状。
《崇祯长编》：仓场总督苏茂相上言：
臣据主事赵建极查下粮厅册，万历四十八年，锦衣卫官旗等项仅一万七千七百六十余员名。
自逆珰乱政以来，三四年间增至三万六千三百六十余员名，此前增一万八千六百余员名，岁多支米二十二万有奇。