在任命李养正担任长江巡阅使后，朱由检为了保证他在长江上收到税，决定给他一支兵马。
想着南京的提督操江，说道：
“提督操江一职，设有文武两员。”
“今后文操江之兵，改为长江巡阅府管辖。”
“南直隶以西江防，归长江巡阅府负责。”
文官提督操江，之前由刘志选担任。刘志选是阉党核心人员之一，因为动摇中宫，已经被朱由检定了死罪。他的提督操江一职，自然无法担任。
但是这个职位朱由检一直没有增补，为的是让武操江掌握江防。
如今设立长江巡阅府，朱由检将文操江的兵马，改为巡阅府负责。
把南直隶一段长江的防御，完全交给了武操江。
这个决定，在朝堂上引起的反弹很大。因为谁都知道，长江的江防数南直隶最重要。提督操江只有在南京，才有强大的影响力。
如今皇帝把文操江的兵马转到长江巡阅府，相当于事实上撤了文操江一职，朝堂上的文官自然很不满意。
所以很快就有文官指出，武操江怀宁侯孙承荫扣克镇江班军盐菜银，各军呼噪。江南的官员对此多有耳闻，希望皇帝慎重，要任命文官操江。
朱由检听到怀宁侯这么不堪，眉头微微皱起。他是实在没有想到，自己想重用武操江的当口，勋贵这么不争气。
虽然不至于因为这些风闻就把怀宁侯问罪，朱由检心里却对这个人颇不满意，询问道：
“怀宁侯什么时候担任的提督操江？”
“到现在已经几年了？”
兵部尚书袁可立道：
“怀宁侯孙承荫是天启二年十一月提督操江，到今年将近六年了。”
朱由检当即借题发挥，说道：
“武官五年一任，怀宁侯担任了五年多的提督操江，如今也该换了。”
“让他回京述职，勋贵之中，有谁愿意担任提督操江？”
参加常朝的勋贵，顿时跃跃欲试。
在常朝举办这么长时间后，最初对参加常朝很积极的勋贵，到现在已经变得很少了。仍旧坚持着参加常朝的，都有一定的政治野心。
诚意伯家族因为和东林党不睦，在东林党被解除党禁、开始起复的现在，刘孔昭一直坚持参加朝会。此时听到皇帝询问，他当即就自荐道：
“臣愿前往南京，为陛下整顿江防。”
还有几个勋贵，同样想担任此职。
朱由检对刘孔昭整顿江防的说法很是满意，再加上温体仁为他说话，当即就任命道：
“诚意伯刘孔昭，接任提督操江，任期暂定五年。”
“江防如何整顿，要有什么成效，写个奏疏上来！”
让他按督抚的施政纲要，写个整顿江防措施。以后检阅的时候，就按他奏疏上写的来。
刘孔昭欣喜领命，对自己和温体仁交好的做法，心里颇是得意。
之前他正是听说温体仁和东林党闹翻，所以走动了一下。如今在朝堂上，就发挥了作用。
不过能不能坐稳这个位置，还要看奏疏写得如何。到了南京也多少要做点样子，整顿一下江防。
群臣听到皇帝换了一位勋贵担任武操江，就是不说文操江的事情，这时也有些急了。袁可立道：
“提督操江一职，事关南京江防。”
“陛下之前在设置提督时，同时设立护军使。”
“臣以为当设护军使，辅佐提督操江。”
这个说法，有点打动了朱由检。之前他设立护军使，为的就是协调军队和地方关系、保护监督军队。
提督操江一职，关系南京的安危，确实不能完全交给勋贵，也不能让一个人掌管。
否则刘孔昭像孙承荫那样贪污军饷，就不合自己的本意了。
所以他思索之后，说道：
“提督操江一职，以后改为长江水师提督，简称长江提督。”
“长江巡阅使兼有护军使职责，有监督保护长江水师的责任。”
“以后长江上的兵马，皆归长江水师。”
把以前分属文操江和武操江的兵马合在一起，成为长江水师。
这样长江提督和长江巡阅使，就成为新的长江水师负责人。
对此袁可立能够接受，其他文官对提督和护军使的设置不太明白，再加上巡阅使的衙署在九江和武昌，可能很少去南京。对南京的长江水师，可能谈不上监护。
所以太仆寺卿秦士文道：
“长江如此之长，提督和巡阅使又不在一个地方，如何一起承担长江水师职责？”
“臣以为可将长江分段，再像驿站一样，在各段设立兵站。”
朱由检对此颇为赞许，说道：
“具体如何分段，诚意伯和李巡江一起划分。”
“原则上长江提督负责下游，长江巡阅使负责中上游。”
“长江巡阅使之下，再设一专门的护军都尉常驻南京，执行护军职责。”
“中上游的兵马，同样要设置将领，作为长江提督下属。”
把长江上的兵马，仍旧是主要分成两部份：下游的南直隶段水师，中上游的长江巡阅府水师。
两部分又相互交叉，长江提督和巡阅使皆有权插手。
这样分别制衡，又各有侧重，文官都感到满意了，诚意伯刘孔昭也觉得不错。
因为这样一来，他就能插手长江中上游的兵马了，甚至能通过这支兵马，插手长江巡阅府。
这时朱由检又嘱咐他道：
“长江水师一定要严加操练，并且整顿战船等武器。”
“长江航道疏通后，沿途可能会出现水匪，长江水师要加强打击。”
“同时要防止走私，对沿江运货的船只，可随时进行抽检。”
“一旦发现漏税，可以让随行的税务司官员罚款。并且记录船主姓名和船号，给予警告处分。”
“警告次数多了，可以发放禁令，禁止其在长江上通行。”
对长江水师的设置，朱由检主要还是为了收税。同时有用税款养一支水师，为以后做准备的意思——
毕竟北方的灾害实在太严重，如果以后在北方待不下去，他可能会到南京去。那么长江水师，自然要加强建设。
刘孔昭听到长江水师有剿匪缉私的职权，顿时觉得自己之前的想法是对的，自己可以通过长江水师，插手长江巡阅府。
文官则不乐意了，兵部左侍郎闵梦得道：
“长江上不止有运货的，还有捕鱼的渔民。”
“若是让水师胡乱抽检，可能有碍民生。”
朱由检闻言皱眉，因为他对大明官兵的操守也不抱希望。所以思索之后，说道：
“那就定个标准，不准抽检小船。”
“例如三十吨或五十吨以下的，可以不用抽检。”
“低于这个吨位的船只，税务司予以免税。”
“但是客船必须登记，而且审查资格，发放营业执照。”
“对于船只有危险、或者船主船员有劣迹的船只，不准用于客运。”
这个政策，受到了很多官员欢迎。
因为皇帝的免税，很合他们胃口。
至于对客船发放执照，也是一件好事——
俗话说：“车船店脚牙，无罪也该杀”，那些江上的客船，确实应该规范。
在皇帝和群臣的商议下，长江航运的各种政策，逐渐得到完善。
不过这个时候，专督河道侍郎李从心，又提出一个问题：
“长江水流较急，所需纤夫数量，应该远远低于运河。”
“但是一些浅滩处，却仍可能用到纤夫，需要浅夫疏浚。”
“从下游往上游行船，更是有可能在水流湍急的地方经常用。”
“这些纤夫、浅夫，还有运货的脚夫，应该从哪里来？”
对这种具体的问题，朱由检就不如何了解了。甚至他的心中，根本就没有这个概念。毕竟在他的认识里，船只通行很容易。
如今被李从心提醒，方才醒悟现在的船只没有动力，一旦发生搁浅，就得纤夫拉船。
这让他皱了皱眉，有些明白了现在水运的船只都不大、有很多百十吨小船的原因——
实在是越大的船只搁浅后就越麻烦，行船多有不便。
与之相比，海上几乎可以说是一直有风，通过船帆的角度变化，能一直利用风力行船：
『这样看来，南北海运发展起来后，对运河的冲击很大啊！』
『依靠运河谋生的人很多，要想办法分流一点。』
所以他询问道：
“运河上是如何做的？”
“纤夫、脚夫如何招募？”
太仆寺卿秦士文道：
“运河水驿，从沿岸州县征调长纤。还有一些临时招募的短纤，甚至募民为短纤。”
“长江上也有水驿，有些地方可按此办理。”
朱由检听到有制度，当即就点头道：
“李养正曾担任漕运总督，应该知道这些。”
“长江航运的事情，就由他去疏通。”
“另外，漕运总督那里也要出些人，帮助长江巡阅府组建。”
“允许长江巡阅府，去运河那边招人。”
说着，他向杨景辰和郭允厚道：
“让李养正先到京城来，确定长江巡阅府编制，再在南下时沿着运河招人。”
“长江巡阅府下属官吏品级，皆按之前规范的制度来。”
“吏部和户部推算一下长江税务司能收多少税，能养起来多少人。”
对于长江巡阅府，朱由检寄予厚望，希望作为自己调整后的新制度，在南方的标杆。
说实话，他现在推行的各种制度，大多集中在北方，甚至就在京城。南方最多影响到南京，对其它地方的影响很微小。
长江巡阅府的设立，是关系湖广、江西、四川等省份的大事情。如果能用新制度打开局面，以后他在南方推行新制时，阻力就会少很多。
可以说，现在的长江巡阅府，就是朝廷插足南方的触手。它的设立成败，可谓事关重大。
如此商量很久，终于定下了长江巡阅使和长江提督等官职，把整个长江梳理了一遍。
群臣中没有经历过这种事的，终于体会到了为何很多官员，都说去年累的原因——
只是一个衙门的设立，就让他们感觉颇是疲累。去年皇帝调整了六部九寺的绝大部分机构，那些年前任职的官员，当然感觉很累。
此时，这些人就只有一个想法，那就是结束朝会。
不过朱由检却没有立刻宣布结束，而是向杨景辰道：
“去年朕曾说过，以后督抚廷推时，候选人要写出施政纲要。”
“根据施政纲要推选督抚，并且作为以后考核的依据。”
“现在已是四月，离八月选官只有四个月，只够路途远的地方打个来回。”
“所以今年要更换的督抚，杨卿现在就可以选定候选人，然后给他们发信息，提交施政纲要。”
“这是第一次实行，杨卿务必用心！”
施政纲要的事情，去年已经定下。甚至朱由检在此之前，就让人向孙传庭透露了这个消息。
按照之前的商议，三边总督、两广总督、延绥巡抚、保定巡抚、湖广巡抚、应天巡抚、云南巡抚、福建巡抚，都要在今年更换。
杨景辰需要以吏部的名义，询问这些人是否愿意留任。并且给地方的督抚候选人，传达书写施政纲要的消息。
朝堂上的官员，则是一阵激动。因为他们相比一两个月后才能收到信的地方官员，拥有很多优势。能够提前一两个月，书写施政纲要。
很多想去地方任职、也有资格被列入督抚候选的，开始想着办法，让吏部把自己列为候选人。
不过，朱由检却没有给他们走门路的机会，说道：
“地方布政使、按察使，还有朝中的尚书、侍郎、正卿、少卿、佥都御史等官，都可选择心仪的地方，书写施政纲要。”
“只要资格足够，所写的施政纲要又能被朕认可，皆可列入候选。”
“待到八月选官时，一起参与廷推。”
直接把候选人的选择，捏在自己手里。
这是他之前在廷推选官时，就定下的办法。
毕竟在廷推被文官广泛认可、非廷推官员很难当下去的情况下，他不可能推翻这个制度。
为了保障廷推出的官员都能符合自己心意，他决定从候选人开始，就掌握这个名单。
这样无论廷推出的是谁，他都能够接受。廷推出的官员，能力会有保障。