后来黄巾军起义，朝廷拜王允为豫州刺史，征辟尚爽、孔融等名士担任王允的从事，率领重兵讨伐黄巾军。
豫州是黄巾军活动的重灾区，如果你没点本事的话，被黄巾军拿下了，那结果可真不好说。
王允初次领兵打仗，亲自披挂上阵，大显身手，击溃豫州一带的黄巾军。之后，王允和左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁共同受降数十万黄巾起义军。
如此显赫战功，该走好运了，但王允却反而进了监狱，只因为他这次得罪了不该得罪的人。
这个人就是汉灵帝他爹张让。
原来，在受降过程中，王允从败军中搜查到一封张让宾客与黄巾军书信，明眼人一看便知，那是张让授意干的，脚踏两只船，怎么都不会沉啊。
“张让，你死定了！”王允想都不想，把这个事情直接捅到汉灵帝那儿。
“什么？我爹要抛弃我了？真滴假滴？”汉灵帝听说后，也十分震惊，不过他还是决定问问再说。
于是立即召见张让进宫，准备问个明白。
张让得知皇帝召见，知道大事不好，因此见到王允的奏章后吓得半死，急忙叩头谢罪。
“皇上啊，这是有人在忌妒老奴，加以陷害呢。信呢，不错是我的宾客写的，但不是我的主意啊，这个宾客也要出卖老奴啊！老奴可是一直忠心耿耿的啊！还望皇上明察！”张让涕泪俱下，叩头说道。
“这样啊，那什么的，算了，算了。”汉灵帝本就有意偏袒张让，再加上被张让的花言巧语所迷惑，认为他无罪，也不再追究。
“奶奶的，让我出了一身冷汗，看我这么玩你，报仇雪恨那是必须的。”张让狠狠骂道。
第二年，张让找了一个借口，把王允逮捕入狱，让他接受再教育。
“哈哈哈，敢和我斗，玩完了吧。”张让得意笑道。
但人算不如天算，王允牢饭还没吃几天，就出狱了，和上次不同，这次没有人救他，进去没多久，就遇到朝廷大赦天下，拍拍屁股出来后，重新上岗，还可以当刺史。
“老天爷还真有眼啊！”王允看着灿烂的阳光，心道。
“奶奶的，出来了吧，怎么出去的就怎么再进去吧。”张让并没就此罢休。
才过了十天，睚眦必报的张让派廷尉以“莫须有”的罪名将王允治罪，于是王允再度入狱。
“天哪，幸福怎么就像毛毛雨，来也匆匆，去也匆匆。我咋又回到老地方了啊？”王允极其郁闷。
张让的如意算盘是等王允把事情交代完，就拉出去砍头完事。
“别再渴望老天救你了，现在大赦已过，就是神仙也救不了你。”张让还是有点恨。
司徒杨赐素知王允的为人和品性，知道张让是有意想置王允于死地，为了替王允开罪，让他免受痛苦和屈辱，就托人告诉王允：“这都是你得罪张让惹的祸啊，不如先认个错，让他高兴高兴，争取个宽大处理，为自己留条活路。大丈夫能屈能伸，如果只一味好强，恐怕他不会放过你，请你仔细思量思量吧！”
但王允很执着，坚持原则不认错。
王允的手下也深感忧虑，想方设法营救王允。
有一名好斗气的下属去狱中探望王允时，痛哭流涕，劝王允向张让认错赔罪，求他网开一面，被王允怒斥拒绝。下属找来一杯酒，气愤地对王允说：“你既然如此保全自己，不如喝下这杯毒酒算了，又何必还在狱中受别人的折磨呢？”可是，出乎下属的意料，王允一把夺过酒杯，摔在地上，厉声说道：“我是堂堂天子的臣民，君王赐罪于我，我应当接受惩罚，按照王法在街头斩首示众，而且天下人都应以我为戒，不再违反法律，维护社会的安定，哪有私自吞喝毒药，以死逃避法律制裁的道理？你们不用再劝我了，我意已决！”
史书说王允是“投杯而起，出就槛车。既至廷尉，左右皆促其事，朝臣莫不叹息。”
可见王允连死都不怕，还怕什么？
不久，王允的案件被提审，王允的手下和朋友以及朝中许多官员都十分着急，想制止张让对王允的陷害。
大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐三巨头联名上书为王允求情说：“王允严于律己，宽以待人，为官尽忠尽诚，宽宏贤能，具有君子的风范和气节。过去晋悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效吗？如此王允受命于朝廷，诛讨逆贼，安抚良民，本应论功行赏，加官进爵；难道就因如此微不足道的小事情，就要定他死罪吗？陛下如此不公平地处罚他，恐怕有负众望，百官有所不服吧。”
别小看他们只有三个人，看似少数派，但都是举足轻重的实力派人物，因为他们代表的是一群人，何进是国舅有兵权，而袁隗是世家大族，杨赐是文人之首，所谓的门生故吏，谁敢惹？
看在这几个元老面子上，汉灵帝口气终于松动，可以免死，但牢照坐。
这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三大佬继续上书，要求赦免王允，等到第二年，王允才被免罪释放。
“奶奶的，鸡蛋碰不过石头啊。张让啊，哥不和你玩了，有点玩不起，那我改个名换个姓，离开洛阳行不？”王允跨出监狱，重获新生后感叹道。