但此役却有一个真正让薛岳跌足的巨大遗憾。战后审讯日军俘虏得知，十日晚，实施正面阻击的第四军，前部曾突至万家岭日军一0六师团指挥部，并在激战中数次攻至师团指挥部附近，日军指挥部全员出动，从师团长到炊事员都持枪加入战斗。日军俘虏承认，如果那时中国军队再坚决前进一百米，师团长松浦淳六郎中将不是被俘就是被杀。但因当时天色太暗，中国军队根本没意识到遇到的是日军师团指挥部，以为只是一般日军参战部队，因自身亦伤亡甚重，激战至夜便收兵回营，硬生生错此良机，让松浦淳六郎逃过一劫。
蒋介石在武汉闻听此讯，气得拍桌大骂：“娘西匹，薛伯陵真是糊涂之至！”而据说远在延安的毛泽东听说此事后，哈哈大笑道：“惜哉这个薛老虎，离千古名将只差一步之遥啊。”
然命运总爱跟人开玩笑，而历史也往往十分相似，就在蒋介石大骂薛岳糊涂时，他自己也糊里糊涂犯了一个大错误。
就在中日双方集结重兵在武汉战场苦战，日本人在赣北战场失利的情况下，却突然从武汉战场抽调力兵，在海军配合下悄然南下偷袭广州。而得到情报的蒋介石认为日军主力在武汉战场，无力南顾，所谓偷袭广州不过是日军故意放出的烟幕弹，意欲让中国从武汉战场分兵而已。因此，他不但不理会广东省长吴铁城的求援，反而下令从广东守军中再调一个师驰援武汉。
十月十一日，就在薛岳取得万家岭大捷之时，日军七万余人在广州大亚湾强攻登陆，连下广州外围惠州、博罗、增城等地，仅仅十天时间就将防守广州的国军余汉谋第十二集团军打散，攻陷广州。广州丢失，日军不仅能沿着粤汉铁路北上攻击中国守军背面，而且广州是在上海、青岛等地相继陷落后，国民政府对外联络的唯一重要港口。广州一失，武汉已无重兵防守之必要，蒋介石遂决定不再作孤城之守，下令迅速放弃武汉。
民国二十七年十月二十五日，日军占领汉口，次占武昌，二十七日占领汉阳，武汉三镇至此全面陷落。
武汉会战历时四个半月，毙敌十余万，基本达到歼灭敌人有生力量，大大消耗日本国力的战略目标，粉碎了日本在中国战场速战速决的幻想，打破了日本人战前制定的把蒋介石政权从中央政权打压为地方政权的美梦；日本人的策略也由军事打击为主、政治诱降为辅，调整为政治诱降为主、军事打击为辅，陷入持久战泥潭。当然在实力悬殊的情况下，中国方面也在此役中遭受巨大损失跟消耗。抗战进入战略相持阶段。
方云奇和张灵甫是在第一集团军战地医院的病床上听到武汉失陷这个消息的，二人皆捶床大忿。张灵甫的伤势较方云奇稍轻，半个月后，还没好利索，他就再也躺不住，离院回到部队，临走前对方云奇道：“兄弟，有一件事我不得不对你讲。你是一条汉子，也堪称将才，但作为带兵之人，你有一个致命弱点，喜欢擅离指挥岗位，去干应由特工干的事。对部队来讲，这是很危险的。有人将这件事密报给了校长，校长十分震怒，来电询问我，我不能瞒校长，只能如实报告，望老弟海涵。”
方云奇全身多处中弹，有一块炮弹的弹片离心脏只有毫米之差，可谓间不容发，与死神擦肩而过。他几乎全身缠满绷带，只露着两只眼睛和嘴唇，对着张灵甫费力地笑了笑：“你我在张古山阵地上同倭寇白刃血战时，可曾想过要活着离开，试问还有比这更残酷的吗？”
闻听此言，张灵甫唏嘘良久，大笑而去。
半个月后，方云奇身上其它伤口基本痊愈，唯受伤最重的胸口之伤，虽经手术治疗，却并无好转，反而大面积化脓，进而高烧不断，严重时甚至胡言乱语，一度出度生命垂危迹象。
此时方云奇已随战地医院辗转至贵州境内，薛岳闻听后，专程抽时间到医院看望，见此情景不禁深为担忧，也知他曾是蒋委员长身边人，又深得蒋介石宠爱，因此不敢怠慢，一面亲自电告蒋介石，一面立即派人连夜将方云奇送往重庆陆军医院。
蒋介石接到薛岳电话大惊，命陈诚专程到陆军医院传达他的旨意，并对方云奇入院及治疗妥做安排。
来头如此之大，陆军医院岂敢马虎，待方云奇送到后，立即组织专家进行会诊，并再次进行了手术，但伤势虽有所好转，炎症化脓却似乎仍难控制，还时不时发高烧。
赵珍怡在鸡笼山阵地撤退时被方云奇安排人送到战地医院，后又被戴笠派人接到重庆治疗，现早已出院。方云奇来重庆后，在戴笠特许下，她不用到军统上班，天天在医院守着方云奇。见心上人伤势如此沉重，似殊无痊愈可能，赵珍怡愁急攻心，成天以泪洗面，十余天下来竟至形销骨立，瘦若寒鹤。
方云奇见此心中又急又痛，却无计安慰珍怡，二人常执手互凝，唯相对下泪。
一天深夜，戴笠突然来到医院，独自一人悄然进入病房，见此情形，心中亦明白了八九分。他站在病床前默然看着已十分虚弱的方云奇，虽神情平静，但眼底却抑制不住地闪烁起怜痛悲伤之光。
方云奇身上泛起阵阵温暖：“爹，孩儿恐怕得先走一步了！”他在心头暗呼，对着戴笠孩子似的笑了笑。
戴笠怕再难控制自己的情感，便陡然转身走出病房，来到院长办公室。
院长正坐在办公桌前对着方云奇的病历发愁，并不知这深夜突然闯入之人是谁，便略微诧异地盯着他：“你找谁？”
来人并不言语，从身上掏出一把手枪放在桌上：“我送你一件礼物！”声调不高，但语气阴恻，令人有点毛骨悚然。
院长心中不快，提高声音道：“你是谁，为什么威胁我？”
“戴笠。”戴笠不紧不慢地道。
“戴...戴老板！”院长惊慌失措地站起来，语无伦次，“您深夜前来，有何差遣，鄙人敢不从命？这件‘礼物’鄙人可不敢收，还请戴老板收回。”他拿起桌上的手枪，恭敬地送到戴笠面前。
戴笠不接，院长只能这么举着，在他鹰隼般目光的逼视下，额汗涔涔直下。
过了许久，就在院长都快要跪下时，戴笠终于说话了：“委员长亲自交代的人，你竟敢如此草率！”
院长终于明白戴笠的意思了，战战兢兢地道：“您是说方云奇吧，我们已经尽了最大努力，实在是无力回天，主要是抗炎药品奇缺。不过我听说美国最近生产了一种新的盘尼西林，抗炎效果非常好，可在国内弄不到，而因战争全面爆发，对外港口失陷，我们陆军医院对外联系的渠道早就不通了，实在是一筹莫展，毫无办法啊！”
“为什么不报告？”戴笠道。
“我已向陈诚陈长官报告，但这么多天过去了，毫无音讯，我正为此事焦头烂额啊。”院长愁眉苦脸地道。
戴笠骂道：“辞修该死，误委员长之事！”又对院长道，“十天之内我会命人把你要的药送来，但如果方云奇有什么不测，你就用这‘礼物’自便吧。且今晚之事你要是对别人透露半个字，就是治好了方云奇，结局也是一样！”
戴笠将院长举着的手枪蓦地用力推到他怀里。院长抱着手枪象烂泥一样摊倒在地板上，对戴笠离去的背影费力地嘶声喊道：“只要有美国生产的新的盘尼西林，我保证把他从鬼门关前拉回来！”
回到军统，戴笠密令在美国的军统特工火速搞到新的盘尼西林，从秘密渠道经香港入境，送至重庆。就在第十天的晚上，戴笠派人将药如期送到陆军医院。
院长长长舒了一口气，如获至宝，立即组织最好的医生对方云奇展开新的治疗。
方云奇胸伤炎症终于得到控制，开始渐渐好转。见他一天比天精神，赵珍怡的脸由阴转晴，也终于绽放出久违的笑容。
一天，蒋介石突然携宋美龄在陈诚陪同下来到医院视察，当进到方云奇的病房，看到他恢复得很好，大为满意，对跟在身边的陆军医院院长频频点头。
站在旁边的陈诚惊奇地发现，委员长看方云奇的目光里满是慈爱之情，宋美龄也对他不时温言安慰，心头不禁掠过一丝醋意，暗想这丑小子不知哪里修来的福分，让委员长与夫人对他如此青眼有加。
虽然委员长曾亲自交代，但陈诚对这个小小的上校团长并未十分在意，认为不过是委员长对身边人的一种作秀似的关怀而已，因此在院长汇报需要新的药品时，他根本就没放在心上。可从今天的情形看来，蒋介石夫妇跟方云奇的关系的确是复杂而深刻的。
陈诚暗自庆幸方云奇伤情终见好转，倘真有什么闪失，那自己还不又要被蒋委员长骂得狗血喷头！