佛教的戒律实行因对象不同而有不同要求。不出家的男女信徒称为居士，对居士要求遵守五戒︰一、不杀生；二、不偷盗；三、不邪淫；四、不妄语；五、不饮酒。出家但没有正式受戒的称为沙弥、沙弥尼，他们需要遵守十戒，除了上面提到的五戒外，还需遵守不装饰打扮、不观听歌舞、不坐卧高广大床、不食非时食（正午过后不吃饭）、不蓄也不接触金银财宝。
正式受戒的和尚，有比丘戒二百五十条；正式受戒的尼姑，有比丘尼戒三百四十八条，这些都称为「具足戒」。出家人只有严格按照戒法规定受持戒律，方可取得正式僧尼的资格。这些戒律被称为「小乘律」，与大乘佛教的戒律有些许不同。
当时净土寺是属于小乘佛教的涅盘宗，小乘佛教强调罗汉修行，以严格自身修行，修得罗汉正果。
「如是我闻一时佛在拘尸那城力士生地阿夷罗跋提……」
玄奘一早清晨四点就起床做早课，念经敲木鱼，在净土寺静修。除了他还有几位比他年长的沙弥，一起专研佛经。念完早课之后，就要进行严厉的体能修行，挑水、砍材、挑粪、种菜、搬运重石，劳动他们的身体，让他们苦行。到了中午，做午课，再念几小时的佛经，下午拿着钵到市集化缘，度众生；到晚上做晚课，专研佛经。
每天过着枯燥无味的生活，与玄奘想象不同，他原本以为遁入空门，就可以寻找出生命的答案，可是经过很久的时间，翻了许多佛经，还是没有发现他想要找出的答案，究竟如何才能有解救众生痛苦的方法。像这样的修行有用吗？他苦思许久，却找不出答案。玄奘有点死心，但他不肯放弃，他不断地努力，直到寻找出想寻到的答案才肯罢休。
在寒冷的冰雪天，比丘们用冷水冲洗身体，必须先尝尽人生苦楚，才能了解众生之苦。寒风吹来，格外透心凉，几个比丘早已冻得发紫，玄奘抖得不停，只见冷水流在身上竟结成冰。住持舍法大师恰巧经过，玄奘一见到舍法大师，就立刻跑向前，跪在舍法大师面前。
「住持，弟子有所不解。」
「玄奘，你有什么不解？」
舍法是一位仁慈的法师，他一脸和蔼面孔，对弟子的疑惑总是一一解答，但是对寺里的一般事务通常不管，交给戒律院的独觉法师管理。
「住持，弟子不解，为什么我们要接受一连串的苦行？难道接受苦行，就可以成佛？」
「人的心就如一片镜子，要时常擦拭，否则不会明亮。人有太多妄想，如果不用苦行修练，就无法克制妄想，也无法修成正果，更无法修得佛心。出家人的最高境界，就是修得罗汉正果。」
玄奘向舍法深深跪拜︰「弟子了解，是弟子愚昧，才会问出如此愚蠢的问题。」
从此玄奘更加向佛，更努力修练自己，修练自己的心，使心保持明镜之心，专研佛经，努力学习梵语。渐渐地从佛经了解许多佛理，心境也产生变化，思想改变许多，但他仍然不能克制内心的恐惧，对死亡的恐惧。
好景不长，天下大乱，乱局一发不可收拾，不仅如此，盗匪四起，天灾不断。洛阳一带，已经连续半年没有下雨，各地农作物枯死，蝗灾四起，农田被洗劫一空。农民不堪其扰，百姓生活困苦，许多信徒前来净土寺求救。
「舍法法师，求你行行好，救救大家，已经半年没有下雨，再这样下去，大家都要饿死。」
「……」舍法不发一语。
独觉在旁边说道︰「请大家回去多念佛经，多行善心，多做施舍，上天自然会保佑你们。」
「还要我们多做施舍，我们就快要饿死了。」
信徒与寺内和尚吵成一团，闹得不可开焦，舍法出声制止︰「好了，大家不要再吵了，我愿为大家修练成生佛，为大家祈福保平安。」
信众听舍法如此一说，高呼万岁感谢神佛，才心满意足纷纷离开。独觉听舍法提出修练成生佛，立刻反对︰「住持，生佛此事万万不可，如果净土寺没有住持你，那又有谁来主持大局？」
玄奘在场，对「生佛」一词不懂，于是问其兄捷同︰「什么是生佛？」
捷同回答︰「生佛就是得道高僧进入山林，以不食不喝活活饿死，以其肉身镀做金身，既称为『生佛』。练成生佛即为苍生祈福，以供大家膜拜。」
「意思就是说，舍法住持将会活活饿死，以镀做金身，为大家祈福。」
「是的。」
玄奘听到这事，不敢相信这事，立刻冲出跪在舍法面前。舍法是他在净土寺中，最尊敬的人，他无法看着他活活饿死，镀做金身为他人牺牲。
「住持，做生佛之事万万不可。弟子怎么可以看着住持活活饿死？」
「我不入地狱，谁入地狱？今日信徒有此佛心，我只是成全他们的佛心。」
「可是住持会活活饿死……」
「如果因为我的死，能使大家安心，就算牺牲我一人，又如何呢？这事且不要再说。」
舍法不发一语，独自离开，只留下玄奘一人落泪，哭得伤心。独觉拍拍玄奘肩膀安慰他。
「玄奘，你的修行还是不够，你不能看破世俗。舍法大师此举乃是大功德，修得金身，是完成罗汉正果，此乃涅盘大事，是我等追寻目标。」
玄奘心里想︰「人死了，修成罗汉又何用？就算住持修炼成生佛，能解众生痛苦吗？只不过是枉死一条人命。」
此时玄奘心中，对小乘佛教，对涅盘，起了很大的质疑。第二天，净土寺做一场法事，恭送舍法上山，住持一职暂交给独觉管理。一行人跟在舍法后面，一起上山，在山顶盖间临时石室，舍法以结跏趺坐(在佛像中相当常见，为两脚盘坐，两脚背朝上)坐进石室，双手结成安慰印(右手半屈，手掌朝外，拇指和食指相捻，代表「超脱苦痛」)。
一个一个比丘进入石室，向舍法膜拜，好像向舍法永别。玄奘跪在舍法面前，深深哭泣，五体投地。
「住持，我求求你，停止吧，这样只是枉送性命，任何事都不会改变。」
「我心意已决，玄奘，如果你有善心，就为我祷告，祝我早日成佛，早日解脱肉身痛苦。」
玄奘泣不成声，在众人强拉之下，才离开。之后每一天，玄奘都独自一人偷偷上山，带着食物，想劝舍法食用。
「住持，吃吧，如果不吃的话，你会活活的饿死。」
「没有用的，我的信心已决，我已决心要成为生佛，玄奘，你回去吧，你带来的食物我是不会吃的，以后你还是不要再来。」
玄奘不停哭泣，他知道他劝不动舍法，但他还是每天到山上来，他无法看着舍法就如此死去。到了第十五天，舍法体力非常虚弱，全身瘦得皮包骨，气如游丝，双眼睁不开，就快要断气。玄奘来到舍法面前，深深跪在舍法面前，向他说道。
「住持，我有事不解，你能为我解答吗？」
「玄奘……，你有问题……就问吧……，我想以后……再也不能回答……你的问题……」
「住持，你怕死吗？」
「天底下……又有谁不怕死……？但是死亡……就像诞生一般……是自然现象……，谁都无法……逃避……，何不顺其自然……，默默……的接受……」
「顺其自然？这种事又如何顺其自然？」
「一段……旧的生命……结束……，代表另一段……新的生命开始……，就如蛹……幻化成蝴蝶……，展开新的生命……。玄奘……，你不要……太伤心……，我的死……正是代表……新的开始……，愿我的死……能使上天悲怜……，可怜众……生，让他们……有新的生命……」
玄奘跪在舍法面前，向他膜拜，眼泪已经哭尽。突然间他觉得舍法很伟大，愿意为众生牺牲生命，但也觉得很迷惘，如果舍法就这样死了，难道就可以救众生脱离痛苦吗？只不过是枉送一条性命，玄奘的心里不知该如何形容？
玄奘不断磕头，不断膜拜，希望舍法可以给他解答。突然间舍法流出大量冷汗，全身不停颤抖，整个人倒在地上，不停抽慉。玄奘看见跑过去，将舍法扶起。
「我什么……都看……不到……，我眼前……是一片……的黑暗……」
「住持，你现在反悔还来得及，我喂你吃一点东西。」
「不……，已经……来不及了……，我的生命……就快要……结束……，玄奘……，老实……跟你说……，我真的……很怕死……，但人……有许多……绝境……，不得……不勇敢……面对……。如今我……就快死了……，希望……我的死……能解去……信徒……对佛的……疑虑……」
「住持……」
玄奘痛哭失声，却挽回不了舍法的生命，舍法死了，舍法为变成生佛而牺牲生命，玄奘无法克制内心的悲恸，他心中对生命的疑问，不但没有解惑，而且更加矛盾。玄奘心里想︰住持就这样死了，真的能救苍生吗？倘若老天没眼，那不是白白牺牲一条人命？苍生若能救众生脱离生活水深火热，自己是否能因此牺牲性命？为苍生舍命？
玄奘背着舍法的尸体往山下走，净土寺众僧看见舍法的尸体，纷纷下跪膜拜，内心伤痛不已。众僧将舍法的尸体，镀上金身，供在佛堂，让信徒膜拜。信徒知舍法以成生佛，纷纷到净土寺膜拜。但上天似乎没有眷怜他们，好像在愚弄他们，干旱依旧未过去，仍是遍地蝗灾，人民依旧过着水深火热的日子，吃不饱穿不暖，盗匪四起，流连失所。
玄奘躲在房间，他伤心舍法的死，他无法面对死亡的恐惧。他开始绝食，他要学舍法，他要体验饥饿，他三天不吃任何东西。没想到饥饿是那么痛苦，整个肚皮都饿得贴扁，嘴唇干裂，渗出血水，玄奘感觉好痛苦，饿得痛不欲生，倒在床上不停哀嚎。无法想象饥饿的痛苦，饿得快要失去理性。
他记起在废墟中，看见孩童吃人肉，饥饿的痛苦，会让人失去理性，做出违背伦理之事。玄奘咬着自己的肩头，渗出血水，他想克制痛苦，却无法思考，饿得快要昏死过去。
捷同担心玄奘，进入房间，看着玄奘已经饿得面黄肌瘦，毫无血色。
「玄奘，你不要再自己，这里有食物，吃吧。」
「你知道吗？是我眼睁睁看着住持死去，他连续挨饿十五天，滴食未沾。我只不过是挨饿三天，就如此痛苦，我克制不了自己的食欲，我又如何追求佛心？修得罗汉正果呢？」
「就是如此，你应该更爱惜自己，住持是为了大家，而牺牲自己。你年纪尚轻，离修行还有一段日子，在未修成正果之前，你岂能自残身体。」
在捷同劝阻之下，玄奘才答应吃一点稀饭，久未进食，一入口就吐得一蹋胡涂。这一吐让玄奘看清许多事实，他想起死亡的恐惧，他想起许多枉死的百姓，他想起他曾爱过的凤姊，他不能就这样死去，他实在有太多的疑惑，他要追寻生命的答案，在获得解答之前，他不能轻易死去。
他将碗端起，一口一口饭扒进嘴中，久未进食稀饭竟是如此甘甜，人间美味，一口接着一口，在玄奘心中，他许下宏志。
「在我还没有找到答案以前，我要更加努力，我要努力钻研佛经，我要努力修练自己，我绝对不要拿生命开玩笑，我一定会找出解救众生痛苦的方法，找到生命的奥秘。」
在净土寺第三年，也是玄奘十五岁时，发生一件大事。捷同与玄奘接到家书，知道父母已死，两人伤心欲绝。原来天下叛军四起，在家乡的父母，已经被盗匪杀死。听到这消息，捷同与玄奘立刻赶回家乡。
一路上看见许多难民，大家纷纷逃难。隋末炀帝引起全国大乱，东北有高鸡泊窦建德、华北唐李世民父子、华中瓦岗寨李密、东南杜伏威……等等叛军起义，天下乱世一发不可收拾。两人赶回到家乡，家乡已经被战火洗劫，死的死、亡的亡，好不容易寻得父母的尸首，恰巧已经出嫁的姊姊张氏也赶回，姊弟三人抱头痛哭。
玄奘想起父母自小就对他疼爱有加，想不到分别两年，却是阴阳相隔，他内心万分痛苦。战火持续燃烧，叛军就快要杀到，他们实在没有时间好好安葬父母，临时用几块木板拼凑，挖个坑将父母葬入。玄奘跪在父母坟前，痛哭失声。
「玄奘不天﹐夙种荼蓼﹔兼复时逢隋乱﹐殡掩仓卒……」讣文写得哀凄动人，手抓着泥土，一手一手将父母埋进土中，其姊张氏也是伤心欲绝。
捷同表情平淡，并不如同玄奘那样伤心，他劝玄奘说道︰「出家人应该六根清净，我们已经是化外之人，岂能将世俗的感情放在心头？」
「我无法放下，死的是我们的父母，我岂能放下心？」
「玄奘你太过于感情用事，总有一天，你会被『情』字所困。」
玄奘、捷同虽然是亲兄弟，但他们对佛理的理解却有所不同，捷同太过强调修行，克制妄想，渐渐地将人类的感情抛弃，以致日后兄弟的理念日行渐远，最后在佛理领悟过程中两人起了冲突。玄奘是性情中人，他无法割舍人与人之间的感情，对父母的恩情，他谨记在心。
这次事件也造成玄奘的日后冲击，看见父母的惨死，更加深他对死亡的恐惧。当天晚上，他做一个梦，他看见一座坟碑，碑上写着︰「玄奘法师葬于此地，于甲子年殁六十三岁。」
玄奘从恶梦中惊醒，对梦中境界记得一清二楚︰「这个梦……，难道是上天告诉我？我只能活到六十三岁？我现在十五岁，那意思就是说，我只有四十八个年头可以活了？」
知道死期，是一件多么可怕的事，玄奘心中充满恐惧。他日子一天一天的过，等待死期的到来，面如槁木，心中万分痛苦。
「上天为什么要告诉我这个讯息？难道要我每天过着提心吊胆的日子？要我等待死亡的到来？不，这种日子我绝对过不下去，我要摆脱痛苦，摆脱对死亡的恐惧，我一定寻得解救万生痛苦的方法，寻得生命的奥秘。」
玄奘更加钻研佛经修练自己，但是天下大乱未平。十七岁时，河南一带暴徒聚集，寺院里众僧流离失所，纷纷逃亡；路上都是死尸白骨，人民在饥饿之中挣扎，于是玄奘跟捷同说道。
「天下混乱至此，我们又何必坐以待毙？我听说李渊已经率领晋阳人攻进长安，长安大至抵定，不如我们去长安？」
捷同赞成玄奘的建议，兄弟两人前往长安，此时李渊已经在长安称帝，是为武德元年。
草创期的唐朝，群雄间战火未熄，打战为首要之务，无暇他顾。此时长安并无佛教道场，玄奘看到这种情形，深深感慨。隋炀帝曾在东都洛阳建造四所道场，招聘天下名僧驻寺，高僧云集各有擅长，其中以慧景、敬脱、道基、宝暹最为杰出。隋末大乱，各寺院生活来源断绝，很多僧侣远走绵、蜀，在偏僻的蜀地反而有许多精通佛法的高僧。
于是玄奘又向捷同建议︰「如今长安佛法荡然无存，我们不能在这里虚度光阴，应该到蜀地去研习佛法。」
捷同接受，两人经由子午谷进入汉川，拜见空、景两位法师。兄弟二人在此停留一个多月，跟随两位法师学习经典，之后随同前往成都。
蜀地聚集许多高僧，大开佛教讲座法筵，兄弟二人在此苦心研究佛经，玄奘也在此时正式受戒成为比丘。玄奘、捷同本身学问就很好，领悟力也强，经听由道基、宝暹二法师讲解《摄论》与《毗昙》，以及道震法师讲解《迦延》，经过二、三年的苦心研究，两人精通各种佛理。
当时天下大乱，全国都在闹饥荒，唯独蜀地太平无事，而且物资丰实不虞匮乏，所以天下僧侣都聚集蜀地。每场讲座往往有几百人听讲，盛况空前。
玄奘、捷同年轻博学因而声名大作，两人高风亮节、品行端正，名气响遍吴、蜀、荆、楚，当时每个人都想目睹两人风采，他们在佛门的声誉遥遥直上，那时玄奘只有二十岁。