前面写到：林良玉发现待自己如同亲生的柳真元早已背叛了反清复明的大业，却为了贾宝玉和自己的姐姐重新回到幻剑山庄的水洞之中，要将躲在这里运筹帷幄的顺治帝带到朱成功的船上，这个不可能完成的任务因为有谋反之心的北静王突然有所动作而变成可能了，而在一边悄悄观察的林黛玉却发现了一个大家都没有注意到的敌人：太后派来的天残教的松下木子。
松下木子并不喜欢满族人，和他的政府一样，对于清朝占领明朝并不以为然。郑成功的母亲是日本人，日本国反而在很多时候支持郑氏家族。但松下木子在北京呆的时间太长了，让他和那些与福建明政府打交道的人有很多不同的看法，他的政府很不喜欢他的这种做法，甚至有派人过来警告过他，要收回他对这个特务组织的领导，但来的人被他说服了。
金陵城里的大观园在这山雨欲来风满楼的时候却难得的旖旎宁静。莺儿为段传秀生了一个女儿，那一日宝钗听到了湖上一段快乐的萧声，她心烦地关了窗子，但宝玉总不见人影，寂寞和她藏在内心的痛苦一样无法发泄。她知道那个人是为自己在守着夜夜孤独才送来的萧声，但那边是一个家，而自己只有当年藏在心里的一段痛事。她的琴上所有的旋都被她用利刃挑断了，麝月十分不解，说二奶奶这琴总也不见弹，怎么琴弦到一根根断了？
宝钗道：你正经做你的事，把这琴装起来。
薛宝琴住在大观园姐姐的对面厢房，每日里修书完毕却和柳湘莲练武，这尤二姐将劫后余生的孩子交给薛姨妈和薛宝琴，自顾自随着胡大夫夫妻行医去了，黛玉知道她的心结，也不劝她。原来她感念从前胡大夫一家对自己的恩情，小胡医生一直对自己和孩子的照顾，胡大夫的女儿和女婿又失散了，做了胡大夫的干女儿。
贾政因为被吴三桂弹劾被驱赶到金陵，安心在从前的贾府住着，悄悄在这里整理明史，王夫人因为太后的庇护到留在京中，贾政带着妾在金陵呆着，恰好宝钗等住在大观园，宝钗和这个公公原本不合拍，贾政就免了她的晨昏定省，倒是林黛玉知道舅舅这件事情的隐蔽性，悄悄让段传秀柳湘莲暗中守护，又让人暗中寻访了几个史学专家，在大观园的密室里撰写明史，自己和薛宝琴常常去舅舅那里帮忙抄写。那柳湘莲到常常可以见到住在宝钗这里的薛宝琴，薛宝琴除了做文章总缠着他教自己武功，他日日带着面具，到也看不出心思。
香菱添了个男孩，薛蟠这下不许夏金桂再折磨香菱，一定要从宝钗这里接回香菱，把那好妹妹说了万千次，宝钗只是不许，说你这孩子和香菱在我这里，大人孩子还有得活命，你也不想想，若回了你那边，能活几日。那边夏金桂越发闹得厉害，把个薛蟠也弄怕了，只能由着香菱住在大观园。
尤二姐随胡大夫走之前，到来见了柳湘莲，柳湘莲心里知道二姐内心的苦楚，说“贾琏这个人听说因为自己的两个弟弟在福建被人推举做皇帝被隆武帝杀了，一定不肯做皇帝，已经跑到日本去了，”尤二姐叹息道：“这大明朝如今没有几个王爷了，还为了争什么正统你杀我我杀你，琏二爷这个人最不愿意争什么的，他逃走到也没有错，他就是花心了些，如今就是逃到日本国，身边自然也有女人陪着，我这一辈子从来也没有怨过他，原本打算只守着这孩子过自己的日子就是。谁知这一点也不能如愿，我到情愿去报恩，柳三郎你是个至情至性的人，是我的妹子没有福气，死得太早了，你如今也半大不小了，还是好好找个女人，为你们柳家几代单传添一个后人。我如今有过孩子了，才知道这做父母的没有不爱孩子的，我以前看你总是躲着你的亲生父亲，你怎么知道他就不念着你呢。”柳湘莲默不作声。
薛宝琴在暗地里看着，心想这个柳三郎这样的倔强，只怕自己要想焐热这颗心，真的是千万难处，但薛宝琴是个开朗的人，很快就把这个念头丢到一边，心想二姐那孩子自己也带过一段，自己的嫂子和哥哥原本不肯放手这个孩子，尤二姐如今性情大变，连孩子也不要了，却不知是为什么。问黛玉却也不说，她也不明白为何黛玉和宝钗也从不相见，潇湘馆里人来人往，宝钗等只说是闹鬼，反而将通向那边的角门锁了。害她每日要绕一个大圈才能回来，她有时调皮，故意越过院墙道姐姐这边，回来见薛姨妈和薛宝钗在房间里熬药，实在憋不住，忙上前将自己对尤二姐的疑虑说了。
薛宝钗却在为香菱的孩子做衣服，见母亲在叹气，笑道：“你们二人凡事看不真切，正经劝你们让嫂子和哥哥不要留着这个孩子，不如将这孩子送到育婴堂，以后不管何人问起，只说是失散了，否则徒然惹祸上身。“薛宝琴道：”姐姐果然是个冷面人。“薛姨妈道：”你家嫂子孩子又不肯还给人家，自己却又不带，每日只让我和吴妈每日忙着照顾孩子，我姐姐那边我也不好交代，“薛宝琴道：”真是反得她了，难道姨妈也不能将自己的亲孙子要回去。“
薛姨妈道：”你们哪里知道，那太后带走了自己的孙子，临走和你姨父姨妈说了，这个孩子不许他们认回去，以免将来给宫中那孩子造成麻烦，让你哥哥养到七岁，送去陪那个孩子读书。”薛宝钗叹气，心想母亲和妹妹实在眼拙，这个孩子的长相固然是像宝玉小的时候，但哪一点有二姐的影子。贾宝玉的身世她们固然知道一点，却还是当他是贾府的二爷，哪里想到这其中的缘故，眼前这个渐渐懂事的孩子到底是谁她心中如何不知。她心里藏着事情，却是一句不说，对薛宝琴道：我也不管你在外面做什么，你只不要再把外面的事情拿来和我说，我但凡知道，心里忐忑，难免不让人知道了，害了你的那些狐朋狗友。
薛宝琴道：好姐姐，我的朋友里到是没有狐朋狗友，我以为姐姐也是个不世出的巾帼英雄，想不到姐姐倒是心冷。
薛姨妈道：你舅舅手上有点兵权，不知多少人盯着，你们就规矩一点，给我们王家留一点安稳。你姐姐这行事才是为了大局，你父亲这两日过来，看我们把你嫁出去，免得祸害我们。“
薛宝琴滚到薛姨妈怀里，笑道：“婶娘最疼我了，这么绝情的话也说得出来，我不出嫁，就在这大观园住一辈子。”
薛宝钗笑道：她要是可以不嫁人，我们也要念佛了，也不知哪一个配得上我这个妹妹，换了个旁的人，只怕妹夫每日都要挨打。“
薛宝琴道：“怎么你们都这么说我，你这口气，和林姐姐一模一样”宝琴自知失言，自己掩住嘴，钻到自己房里睡去了。
宝钗心里如何不知，到故意在夜半祭奠黛玉，自己点了香，把自己的万千烦恼到给了林黛玉。藏在大观园地道里住着的林黛玉每每看到她焚香向自己祷告，知道她有难处，况且她什么也不瞒着自己，到生出万千的感动，在一旁听着，心中对二姐留下的孩子到生出十分的关心，心想找个机会还是将那孩子接走，以免牵连别人。知道这孩子身世的还有柳湘莲，他一直守在大观园不肯离去，自然也有这个孩子的缘故。这到有个好处，至少那孩子多一个人保护。黛玉想自己总在为这些孩子费尽心力，大观园里的宝藏不能动，完全靠老太太留下的体己过日子，坐吃山空，可这样时局，金陵这样一个地方，哪里周转得用尽心思，自己之前也是这样一个不管稼穑的女孩，自从离开扬州，没有了父母，到成了一个小家长。育婴堂那边幸亏有云珠暗中帮助，让自己可以放松点，只是材米油盐万般贵，这里如今修着明史，舅舅也不是个能理财的，这园子这么大，种了一点药材，也到底还是收入瘠薄了些，就连宝玉和宝钗的开销，其实也都在舅舅这边，由鸳鸯掏着，鸳鸯自然也没有话说，但显然也是着急的。自己每日这样忙，陪着自己的孩子的时间总是有限。不由幽幽地叹了一口气。
原来黛玉在为香菱接生了孩子以后就早产了一个男孩，紫娟自从黛玉生下孩子以后就一直照顾着他。紫娟问这孩子名字，黛玉叹息道：这孩子就叫瓜子吧。
紫娟道：怎么姑娘现在的性情和以前大不一样了呢，宝二爷的孩子，怎么也该有个好听的名字。
黛玉道：我一生最不喜欢假字，哪里会让这孩子姓贾的。
紫娟诧异道：贾家的孩子，不姓贾，可姓什么。
黛玉含泪摇头：可不要让人知道我生下了这个孩子，心里想实在我自然知道他应该姓什么。他是宝玉的孩子，自然是满清的人，是顺治帝的亲侄儿，自然是应该姓爱新觉罗的，但这个孩子由我生下来，总是违背了父亲的意思。
她自己偷偷哭了几次，在大观园外面找了一个民房安排了紫娟和鸳鸯，方便带着这个孩子，自己总是会收到聂青带来的任务，也不能日日看着他。紫娟怄气道：“也不知是转道什么牛角尖里去了，生下这个孩子见了就掉眼泪，怎么林姑娘到像和这孩子有仇似的，孩子可有什么罪呢。”黛玉也不解释，看着这孩子就叹气，原来她算到这孩子有劫数之灾，万般疼爱之间还是愁肠百转，自然眼泪就多了。
果然夏金桂一日醒来就不见了二姐的孩子，还有那个为薛家生了个男孩却被她日日折磨的香菱。原来是黛玉让段传秀和柳湘莲将这两个孩子接到了一起，她心里知道这两个孩子的关系。也知道太后日日派了天残教的盯着贾家，更知道元妃此时在宫中根本见不到自己的孩子，段传秀和聂青会带来很多消息，何况还有一直领导着他们的王道士和贾珠。
香菱将自己的孩子忍痛留给了薛蟠和婆母，黛玉带她见了历经沧桑的父亲甄士隐，此时的甄士隐眼睛已经半瞎了，跟了王道士在金陵的庙里生活，一家人在江宁住下来了。这也是黛玉出现在江宁的缘故。也是为后文交代的前因。
柳湘莲只要有时间就来带着这个孩子。说来奇怪，自从见了林黛玉的这个孩子，他对柳真元越来越理解了，想到冥冥中自己柳家和林家到底是什么渊源，父亲守候着林良玉，自己守候着小瓜子。
黛玉陷身水洞的日子，江宁城靠着城墙的房子都被烧毁了，香菱和紫娟鸳鸯一时无法和黛玉通消息，幸亏遇到了一位好心的侠客，将她们从大火中救了出来又把这一家人安置了下来。这个人正是那日经过江宁的林良玉。
而此时的长江上，郑成功的水师收到了柳湘莲段传秀的情报，城内清军骤然增加了五万人。段传秀夜半出神策门时恰好遇到梁化凤袭击郑成功的部队，郑成功的军队统领半夜来不及穿盔甲，匆忙迎战，被梁化凤的士兵抓住，两位副将战死，段传秀一边带着这一部分人突围，一边让柳湘莲去给郑成功报信，自己帮着迎击敌人。