金国在这一次战争中损失了将近五十万兵力，众多的将领投降依附了蒙古，变成了成吉思汗的智囊与干将。成吉思汗首次攻打金国，取得巨大的胜利，使金国遭受到重创，朝廷上下，一片惊恐。
契丹人与金人本属于两个民族，金人属于通古斯满语族，是当今满族的祖先，而契丹人则主要属于蒙古族。早在金人占领北京以前的两个世纪，北京被契丹人占领着，金王的祖先是从契丹人手中夺取到北京的。虽然契丹人失去了对北京的统治权，可是三个世纪以来，他们一直住在中原土地上。
契丹人几乎已经完全中原化了，但是他们仍然怀念昔日的光荣历史，对自己的亡国遗民的地位深为不满，一直想向灭亡他们契丹国的金王朝复仇。这次蒙金战争中，金国遭到了惨败，所有的契丹人都为蒙古人的胜利而欢呼，对金人的损兵折将表现出幸灾乐祸的心情。金人在战争中的庸懦与无能，深深刺激了契丹人埋藏心底的反抗情绪，产生了跃跃欲试的冲动心理。
就在这时，金王下达了每户契丹人由两户女真人夹居的命令，立刻激怒了契丹人。这个带有侮辱性的命令，契丹人再也接受不了，住在辽东的隆安、韩州等地的契丹人，纷纷举起反金的旗帜，拥护耶律留哥当首领，起兵造金国的反了。
耶律留哥本来是契丹的亲王，他是辽国灭亡以后，留在金国的少数几个亲王之一，他为人慷慨好义，乐于助人，深得契丹遗民的崇敬。金国皇帝为了笼络耶律留哥，封给他一个千户的地方小官，全家住在咸平的近郊，日子倒也过得安闲。
蒙古大军攻城略地节节胜利，使金人遭到惨败，金王宣布了那项防止契丹人作乱的命令，耶律行玉与耶律留哥商议之后，认为起义的最好时机已经来了，便在隆安契丹人聚居的县城，宣布与金国决裂，高举义旗，起兵反抗金国的统治。消息传扬开以后，韩城等地，在很短时间里，不堪忍受金人欺侮压榨的人们，一起参加了起义，并很快发展到十多万人。
耶律留哥派人与成吉思汗联系，表示了归降蒙古的请求，此时金国朝廷本来对他起兵反金已经十分的恼火，又听说他与蒙古联盟，投靠了成吉思汗，更加愤恨，派大将胡沙虎带领二十万大军前往镇压。为了与金兵对抗，耶律留哥把起义队伍带到咸平，自称辽王，又封耶律行玉为军师，积极整顿兵马，等待金军到来。
为了支持耶律留哥的起义队伍，帮助他打击金军派去镇压契丹人的胡沙虎军队，成吉思汗派遣部将李都欢、阿鲁都罕率领五千人马，从侧翼袭击胡沙虎的队伍，以配合耶律留哥抗金。趁此机会，成吉思汗又开始了第二次伐金。
这次仍然是分兵两路，行军路线也大体上与第一次伐金时相同，但是两路军队的主帅却换了。成吉思汗亲自统帅西路军，向西京扑去，东路军由哲别率领，直指辽东，主要目标是攻取金朝的东京。
出兵之前，成吉思汗召开将领及智囊团开会，对出兵路线有两种意见，一派认为集中兵力围困金朝的都城中都，然后进行强攻，决心把中都攻下来。另一派人认为，先留下中都不围，也不打，而攻其两翼，以分散消耗金国的兵力，为以后进攻中都创造了有利的条件。
成吉思汗采用了第二种意见，他说道：“现在还不是灭亡金国的时候。”
因为他从第一次攻金战争中，已经得到了一条经验，不必去占领金国的城市和土地，只需大量地掠取财物和人口，把这个中原大国一次次的掏空，直至无力抵抗，只有束手就擒。
成吉思汗亲率西路军，越过阴山山脉，一路打去，再次攻进桓、昌、抚各州县，再次包围西京。
长子术赤两次请求攻城，均遭到成吉思汗的训斥，当着众将的面教育他说：“用兵打仗，要靠谋略，不能仗着血气之勇，去硬拼兵力。”
成吉思汗只留一部分兵力围城，仍然是围而不打，却把主力埋伏于西京东北方向的一座被称为密谷山的山林中。果然在西京被蒙古军队包围之后，金国元帅左都监奥屯襄带领二万人马前来援助西京，恰好经过密谷山口。
成吉思汗一声令下，他的四万骑兵如天兵天将一般，自山林中冲了出来，把奥屯襄的二万人马团团围住，经过不到一个时辰的拼杀，将这支援军全部歼灭，仅奥屯襄带着数十人逃出，回到中都去了。
在将领们纷纷提出攻城的请求之后，成吉思汗才开始命令军队攻城，可是面对高大而坚固的城墙，军中缺乏攻城的器械，城中守军抵抗顽强，尽管蒙古军队英勇战斗，却收不到良好的效果，成吉思汗正在城下督战，反被流矢射中左臂，不得不下令撤围。
蒙古的广大将士逐渐明白，他们的铁骑只是善于在野战中歼灭敌人，攻坚破城需要用大炮，需要用计谋，否则只能望城兴叹。大将哲别攻打东京时，觉得城墙比西京更加坚固，不得不佯装败逃到五百里之外。
于是东京城里的守将夫察罕以为蒙古人真的败逃而去，便派人去中都报捷，皇上自然欣喜万分，因为西京的守将抹然尽忠，刚被赏赐进官三阶。为了表明鼓励东京的守城将士，永济皇帝派一名传诏使到东京去，并带去大量的犒赏将士的财物与食品。
蒙古的侦探得知这一消息之后，立即报告，哲别亲自带领着一支兵马，埋伏在那传诏使必经的道路上，轻而易举地俘获了他。当夜哲别又把人马领到东京城外埋伏起来，第二天让蒙古士兵巧装成传诏使，来到城下诈传朝廷有旨，城上的守将夫察罕信以为真，便命令开门迎接使者入城。
哲别急忙领着兵马，紧随在那传诏使的身后，冲进城去，夫察罕还未清醒时，他的人头早已经被蒙古人砍下来了。于是东京城里十万金兵被俘，取得攻城的巨大胜利。在这之后，哲别又让队伍在东京周围大肆掳掠财物，并把东京城交给了耶律留哥，成为这位新辽王的治所了。
哲别在回师途中，正遇到金国将领胡沙虎的残余人马，胡沙虎原本奉金王之命，领兵去镇压契丹耶律留哥的起义队伍，中途遭到成吉思汗派来的李都欢、阿鲁都罕的袭击，等到胡沙虎的军队赶到咸平时，兵马已经损失一半了。
耶律留哥乘胡沙虎立脚未稳，以逸待劳，立即打开咸平城门，领着他的愤怒的起义队伍，呐喊着冲进金兵中去。由于一路行军劳累，曾遭遇过蒙古军队的打击，面对起义的契丹人，金兵顿时被杀得溃乱不堪，四散逃命去了。
胡沙虎的队伍一路连遭打击，早已失去战斗能力，把无数的辎重丢弃给了蒙古军队和耶律留哥，他只带几个随从逃回中都去了。成吉思汗的第二次伐金，虽然身受箭伤而归，但仍然大有收获，不仅掠得了大量财物，还消灭了金军中的有生力量，特别是哲别的东路军夺取了东京，意义重大。
这是因为辽东乃女真民族的发祥地，历代的金国皇帝都十分重视这个大后方的安宁稳固。这次东京被哲别轻易夺取，对金国朝廷上下震动很大，尤其是耶律留哥的起义，使辽东大地上的契丹遗民群起响应，他们脱离了金国，归附了蒙古，成为一支不可忽视的力量。
耶律留哥在蒙古的支持下称王，定国号为辽，意在以灭亡了的辽朝为号召，史称东辽，定都城于咸平。
为了表示对成吉思汗的感激，他带着儿子耶律薛阇，还有九十车银币的礼物，赶往蒙古，去拜会成吉思汗。当时在众多的的拜会者中，成吉思汗将耶律留哥父子安排在第一个接见，可见对他的重视。在接见过程中，成吉思汗与这位东辽王谈得十分投机，并且破例下令，把耶律留哥贡献来的礼物，陈列于汗廷前的白毡之上，展出七日之后，才收入仓库。
成吉思汗又赐给耶律留哥金虎符，仍然委任他为辽王，两人关系更加亲密。不久咸平传来消息说：“耶律斯不杀死军师耶律行玉，自称辽王。”
耶律留哥立即辞行，成吉思汗派吉剌齐领三千人马前往咸平，帮助平叛，并说道：“这支队伍就留在你那里，归你指挥了。”
耶律留哥千恩万谢地告别了成吉思汗，领着那三千人马，星夜赶往咸平去。原来耶律留哥的弟弟耶律斯不郡王与军师耶律行玉为争一个女人，闹得相互反目成仇。
这女人名叫宇立齐，原是咸平留守阿古台的小妾，阿古台死后，麻庚友把她弄到手里，耶律留哥起义后，为替儿子、女儿以及那未过门的儿媳刘慧儿报仇，杀了麻庚友，将她赏给了军师耶律行玉。
可是他的弟弟耶律斯不早就垂涎宇立齐的美貌，心里怀着嫉妒，总想找军师耶律行玉寻衅。耶律留哥称王后，为了加强防卫力量，便让军师耶律行玉与弟弟耶律斯不一起组建军队，训练兵马，准备与金国的军队相对抗。谁知遇事意见不合，两人多次闹到耶律留哥那里，辽王无奈，索性把他们分开，让耶律行玉负责步兵训练，耶律斯不负责骑兵的训练。
这次耶律留哥到蒙古拜见成吉思汗，让军师耶律行玉在国都主持一切事务，使耶律斯不更加的不满，把一肚子的怒气全发到军师耶律行玉的身上。
经过周密的策划，郡王耶律斯不在一天深夜，派兵包围了军师耶律行玉的处所，借口他想谋反，将他捆绑，正要杀他之时，辽王的皇后姚里斯突然赶来，对郡王耶律斯不劝阻道：“请问郡王，你说耶律行玉要谋反，可有证据吗？”
耶律斯不被问得张口结舌，只得说道：“证据是有的，等王兄回来时我一定交给他。”
姚里斯对他说：“那也请你暂时不要杀军师吧，即使论罪该杀，最好等辽王回来后再杀也不迟。”
郡王不高兴地说：“什么时候杀他我说了算！”
辽王的皇后姚里斯也是一个有头脑、有见识的女人，她立刻说道：“郡王这么说，不太合适吧？没有确凿的证据，就把一个大臣杀了，何况辽王又不在国内，这怎么行呢？”
可是耶律斯不郡王根本不把皇后姚里斯的话当作一回事，蛮横地说：“这国家大事，妳们女人不要过问。”
说完便向他的亲信们命令：“把阴谋叛乱的耶律行玉拉出去处死！”
皇后姚里斯气得无法，便上前拦住行刑人员，想阻止他们的行动，不料耶律斯不却说道：“把这个女人也捆绑起来！”
杀死了耶律行玉之后，耶律斯不派兵包围了辽王耶律留哥的宫室，把他的儿子、女儿和皇后姚里斯关在一起，然后自称辽王。耶律斯不把支持耶律留哥的人，全都杀死，连成吉思汗派来援助新辽国的将士，他也不相信，竟被他杀死三百多人，整个起义队伍被弄得分崩离析，一片混乱。