元朝由忽必烈于公元一二七一年所建立，它的前身是成吉思汗所建立的大蒙古国。元朝的正式国号叫大元，取自于《易经．干篇》的大哉干元，万物资始这句话。
其中大元中的大字并非类似大汉、大唐那样的尊称，因为统治者是蒙古人所以又叫做蒙元。元廷退居漠北，所以称呼元廷的残余势力时又叫做北元。
成吉思汗统一漠北，于斡难河建立了大蒙古国。当时蒙古的宗主国为金国，金国与西夏走向衰落，蒙古先后攻打西夏与金国，占领了中国的华北。在西方，蒙古先后发动三次西征，使蒙古人称霸欧亚大陆。
蒙哥于征伐宋战争去世后，占有汉地的四弟忽必烈与受漠北蒙古贵族拥护的七弟阿里不哥为了争夺汗位而发生战争，最后由忽必烈获胜。忽必烈改国号为大元，建立元朝，即为元世祖。
这场战争让蒙古四大汗国先后脱离与大汗忽必烈的关系，直到元成宗时期才承认元帝为大汗。元朝攻灭南宋征服了全中国地区，使中国陷入异族的统治之下。
元世祖到元武宗期间是元朝国力鼎盛时期，军事上平定西北，但是在征伐日本、东南亚诸国却屡次失利，其中在元日战争战败。中期皇位频繁更迭，政治始终没有上轨道。元惠宗晚期，由于怠惰于政事、滥发纸币导致通货膨胀、为了治理泛滥的黄河又加重徭役，最后导致爆发元末民变。
朱元璋建立明朝后，派徐达北伐攻陷元朝的首都大都，元廷退居漠北，史称为北元。元臣鬼力赤篡位，停用大元国号，又回复称为大蒙古国。
蒙古人的直系祖先是和鲜卑、契丹人属同一语系的室韦各部落。在隋唐时，他们分布在契丹之北、鞑靼之西、突厥之东的广大地域，曾受突厥的统治，突厥人多称它为达怛。唐朝贞观年间，突厥势衰，后室韦人臣服于唐朝。继突厥而起的回鹘政权崩溃后，室韦达怛人大批进入大漠南北。
大约在九至十一世纪，其中的一支蒙兀室韦，从望建河下游之东逐渐西迁，到了斡难河、克鲁伦河和土剌河三河的上源一带，分成尼鲁温蒙古和迭儿列斤蒙古两大支，合称为合木黑蒙古，其中包括许多大大小小的氏族、部落。
合木黑蒙古之外，当时在蒙古高原活动的，还有蔑儿乞、塔塔儿、克烈、乃蛮、斡亦剌等部落。所有这些氏族部落，先后都受到辽和金的统治。
蒙古部落的经济发展很不平衡，到十二世纪时，大部分从事狩猎游牧，只有少数部落经营农业。不过这时，他们通过同中原的贸易获得了大量铁器，从而推动了生产的发展，阶级的分化更加明显。为了掠夺更多的财富，各个部落的奴隶主互相展开战争。
蒙古高原地区的众多蒙古部落原为金国的臣属，随着金国的衰落，蒙古部落也开始壮大起来，逐渐脱离金国的统治。蒙古诸部领袖铁木真透过战争统一了蒙古高原各蒙古部落，铁木真被各部落推举为成吉思汗，建立政权于漠北，蒙古帝国成立，国号大蒙古国，从此蒙古草原结束了长期混战的局面。
蒙古汗国成立后，不断发动侵略战争扩张疆域，蒙古军队的对外战争具有征服性质，为了减少蒙古军队的伤亡，加快战争的进度，蒙古军队在战争期间对敌人采取了残酷而野蛮的政策。向蒙古军队投降的地区遭受的破坏相对较小，而大量敢于英勇反抗的地区破城之后人口被屠杀和奴役，无数财产被掠夺损毁。
这一系列的征服战争给包括中国在内的欧亚大陆众多古老文明带来了巨大的破坏，众多民族受到了残酷而不公正的民族压迫，难以记数的人口和财产在战火和随后的瘟疫、饥荒及自然灾害中损失，对战火涂炭地区而言也是少有的黑暗时期。
蒙古汗国大汗蒙哥在四川攻打合州时暴死，终年五十二岁。阿里不哥在宗王等大多数蒙古正统派的支持下于蒙古帝国首都哈拉和林通过忽里勒台大会即大汗位。同时忽必烈与南宋议和后返回开平府，忽必烈在汉人地主阶级及部分蒙古宗王的支持下称大汗；引起了阿里不哥和蒙古正统派的强烈不满，阿里不哥与忽必烈随即展开了四年的汗位战争。
这场汗位的争夺发生在拖雷家族的内部，大蒙古国的第四代大汗蒙哥在进攻南宋的合州时战死，蒙哥的两个弟弟，忽必烈和阿里不哥都想继承汗位。
蒙哥死后，可以争夺汗位的人就是忽必烈和阿里不哥。忽必烈带兵攻打南宋，阿里不哥则因为是拖雷幼子而担任守土职责，他在都城哈拉和林，掌管着国库和蒙古帝国的中央政府，还有帝国的命脉，与忽必烈比起来，他各方面的才能都比较弱。
阿里不哥在阿尔泰山的蒙哥大斡耳朵地区召集了一次忽里勒台大会，他很自信能够成为合罕。他手下有很多人支持他，阿蓝答儿、浑都海脱忽思和佐儿赤。阿蓝答儿带兵来到忽必烈消夏的地方，也就是多伦泊附近的开平，准备威慑忽必烈，还要让他去参加阿里不哥召集的忽里勒台大会。
忽必烈是个老谋深算的家伙，自然没有这么容易就范，他带着自己久经沙场的雄兵前来，解除了阿蓝答儿的军权。尽管这样，忽必烈还是需要做很多的工作，忽必烈来到开平，他在那里召集了一次忽里勒台大会，与亲信们会盟。
有窝阔台之子合丹、阿惕昔吉或阿只吉、帖木格．斡赤斤之孙脱合察儿、也松格、旭剌古儿、察兀都。忽里勒台大会推举忽必烈为大汗，举行了仪式册封。忽必烈依旧是要推让几次，最后勉强答应即位，四十四岁荣登大汗位子。
这一次会盟不可能获得广泛承认，它的性质像一个骗局一样，实际上就是要举兵谋反。他们会盟的手续也没做全，兀鲁思首领们没能全部到来投票，像波斯总督旭烈兀、钦察汗别儿哥，拔都这时候已死，他的弟弟别儿哥继承了大位。
忽必烈说他们距离得太远，等不了几个月，这几个月时间足以让帝国内乱。忽必烈这样做显然是为了造成既成事实的局面，让大家被迫接受，这个决定也是没办法中的办法，甚至旭烈兀也不一定支持忽必烈，他的一个儿子木哈儿是坚决支持阿里不哥的。
忽必烈的登位没有得到其他亲王的广泛支持，忽必烈靠自己的见识、武功和伟大才干得到了大位，于情于理都无可挑剔，哪怕没有得到他的兄弟和亲属们的同意。
成吉思汗说过：“注意听少年忽必烈所说的话，有一天他会继承我的汗位，你们对待他要像对我一样。”
忽必烈被选出来后就让人前往蒙古腹地，友善地跟阿里不哥通报了这个消息，并让他服从忽必烈的统治。阿里不哥手下的脱儿赤跑到中原想要瓦解忽必烈的联盟，却被抓住，招供了他所做的一切准备。
阿里不哥根本没想过承认忽必烈的地位，他也组织了一次选举，让拥护自己的人选他为大汗。他们在哈拉和林地区举行了选举，许多大将军都来捧场，甚至包括带兵南征的将军，如威震中原西北的浑都海。
忽必烈让耶律楚材的儿子耶律铸前去策反他，但没有成功。阿里不哥还让在四川的蒙古军队联合反对忽必烈，但在后来，他们全都被忽必烈击败。阿蓝答儿带兵从哈拉和林来帮助浑都海，两人想要从凉州进军四川。可是他们在姑臧地区被亲王合丹击败，就这样忽必烈占有了蒙古在中原的全部地区。
阿里不哥的势力依然在蒙古故土盘踞，连蒙哥的妻子斡儿哈那哈敦也都支持他，还有他的三个儿子阿速台、玉龙答失和昔儿吉，以及窝阔台系和察合台系的大多数亲王都是阿里不哥的支持者，这个时期中原的蒙古和草原的蒙古势力对立起来，互不兼容。
忽必烈和合丹、脱合察儿决定到蒙古草原故土与阿里不哥会谈，他们来到翁金河上，此地位于哈拉和林以南，阿里不哥和他的手下则在叶尼塞上游之北的谦谦州的森林中，后来他重整旗鼓后又来进攻哈拉和林，他们在在昔木土湖附近交战。
两人交战的地方称为衮哥儿山之地，最终忽必烈胜利了，他没有追赶自己失败的幼弟。十天之后，阿里不哥卷土重来，他在额列惕即沙陀的地方突袭忽必烈的军队，这一次战斗双方平分秋色，晚上各自回营。
这一时期，忽必烈没能收取蒙古故土，阿里不哥的势力依然盘踞在那里。察合台的后代阿鲁忽也承认阿里不哥的地位，他是突厥斯坦汗国的国主，占领了别失八里、阿力麻里和察合台系封地的其他地方，势力延伸到了阿姆河。可是仅仅几个月后，这个人却掉转马头，转而支持忽必烈。
阿不里哥腹背受敌，只能带兵去平定突厥斯坦。阿鲁忽在不剌城杀死了阿不里哥的将军哈剌不花，阿里不哥让阿速台攻击阿鲁忽，占领了固勒扎附近的阿力麻里，阿鲁忽放弃了伊犁地区，来到了喀什加里亚，再撤到撒麻耳干。
阿里不哥占据伊犁地区，但是他作为游牧民族的后裔，无法在突厥斯坦定居下来。阿力麻里人也忍受不了他的残忍行径，连他手下的将军都不见他，某些军人还投靠了驻扎于札八罕河的忽必烈前锋部队。到了后来，斡儿哈那哈敦也不再支持他，最后他众叛亲离。
阿里不哥被察合台的子孙和忽必烈的军队重重围困，只能投降，阿里不哥、阿速台、昔儿吉等人都来投降忽必烈。因为他为人过于残暴，最终被众人唾弃。
忽必烈接见了阿里不哥，阿里不哥上前请罪，被人们用帐帘罩住了，只能这样继续跪拜。忽必烈让他进入御帐，然后让他站着，忽必烈看到他在哭泣，自己也被感动落泪，于是说：“我的弟弟啊，我们两人到底谁有理？”
阿里不哥回答：“以前是我，现在是你。”
成吉思汗侄子脱合察儿那颜马上说：“合罕所想要的是今天，不问过去的事，只追寻欢乐。”
然后宴会就开始了，但是第二天，忽必烈就让人把反对他的各个将领抓起来，杀死了十几个人。阿里不哥和阿速台虽然没有被惩罚，可是阿里不哥却在一个月后离奇死去。
阿里不哥的战败，忽必烈夺得蒙古汗国的最高统治权，忽必烈推行的行汉法主张，明显违背了蒙古的传统，造成许多蒙古贵族的不满，拒绝归附忽必烈汗国，结果导致其他几个蒙古汗国纷纷敌对。这场内战让四大汗国先后脱离独立，直到元成宗时期才承认元朝为宗主国。