元军舰队因为供应和人员的问题而延迟了起航，高丽军先行出发，在对马岛惨遭失败而返回。同年的夏天，元军联合朝鲜的军队夺取了壹岐岛，向九州岛进发，并在不同的地点登陆。
在经历一些独立的小战斗后，元军被赶回了船上，此时一场持续两天的台风袭击了元军舰队，并摧毁了大部分的船只。
八月一日，元军再次遭到台风的袭击，风暴持续了四天，军舰大部分沉没，范文虎落水被张禧救起；范文虎于是擅自决定班师。平户岛尚有被救起的士兵四千多人无船可乘，张禧将船上的七十五匹战马弃于岛上，载四千士兵回国。
被遗弃在日本九龙山的海滩上的元军尚有三万多人，日本发动反攻，将残存的元军驱赶至一处名为八角岛的狭窄地区；这些元军大部分战死，其余数万人的士兵被俘。
总计元朝第二次攻打日本的军队，只有不到十分之一的人生还。有三名士兵拼凑着小船回到中国；透过这三名士兵，忽必烈知道真相后大怒，将范文虎革职。
一般认为台风是造成元军失败的最大原因，元军舰队之所以被台风摧毁，是因为使用了错误的船型。元朝舰队所使用的是在运河航行的平底船，采用了当时较为流行的水密隔舱设置，而不是在海洋上航行的海船。
蒙古人认为，日本到处是黄金和美食，引起忽必烈的贪欲。两次出师的失利，并未使忽必烈放弃征服日本的计划，忽必烈下令重建攻日大军，建造船只，搜集粮草，准备第三次征日。
此举引起了江南人民的强烈反抗，迫使暂缓造船事宜；同时元帝国在南方对越南陈朝发动的进攻受挫，造成国力匮乏，三度攻日之议因而作罢。直到忽必烈逝世，都未能再攻打日本。
十三世纪蒙古横扫全世界，在东亚，蒙古灭金、西夏、中国宋朝、韩国、大里等国家；在中亚，蒙古灭了花剌子模、西辽；在西亚，蒙古灭阿拔斯哈里发王朝。在东欧，蒙古灭俄罗斯、基辅公国；在中欧，蒙古打败条顿骑士团、波兰、匈牙利王国。
蒙古战无不胜、攻无不克，只留下法兰西、英格兰、教皇等国瑟瑟发抖，但是只有一个国家，蒙古就是拿它没折，问题出在哪里呢？那个国家就是日本。
忽必烈刚并吞了中国，在东亚树立起霸权，面对不论人口或土地面积皆小的日本，蒙古是不会将它放在眼里的。不过由于日本是一个海岛国家，蒙古想要打败它，必须搭船渡海而去。问题来了，因为蒙古不靠海，所以不曾搭船，也因此不会造船。
蒙古不会造船，那船是由谁造的？就是由被征服、奴役的中国人所完成的。因为当时宋朝的工艺进步，加上发达的商业行为的需要，所以造船的技术进步。蒙古透过中国人的手，建造了史上最庞大的海军舰队，十四万名士兵，四千四百艘船。
蒙古陆战靠着蒙古骑兵横扫敌人，海战行吗？极为庞大的蒙古军队从朝鲜半岛南端登船出发，向日本前进。蒙古军在日本九州岛岛北部的壹歧岛登陆后，用投石机发射大量含有炸药的铁炮、并发射大量的弓箭。
而日本则以强大的武士出名，日本武士终身恪守武士道精神，并以此作为修练的准则，日本武士擅长使用武士刀，挥剑快、猛、准，故近身肉搏战占有优势，但是面对蒙古军军事武器上的威力，一时之间也难以招架。
不过蒙古军渡海而来，必须在日本沿海地区的陆地上建立滩头堡，如此一来才能有继续施展的空间。蒙古军与日军在接下来的战斗中互有胜负，但对于远到而来的蒙古远征军而言，时间继续下去较为不利，所以蒙古军决定撤退。撤退到哪里呢？当然只有船上，因为还没有占领日本任何一块领土，因此没有办法建立陆上的基地。
在陆战上，蒙军的撤退几乎带有策略性、战略性的意义，也就是以退为进，以佯退来吸引敌人的进攻，让敌军掉入蒙古军设下的陷阱。但是这次蒙军的撤退却带有被迫的性质，再加上蒙古军对海战的不熟悉，撤退到船上的蒙古军，想必此时一定非常不安。但令蒙古万万没想到的是，接下来迎接蒙古军的，不是日军，而是西太平洋最可怕的风暴。
没错，就是台风。夏秋之际，也就是每年的七月到十月，是太平洋台风盛行的时候。日本和台湾、菲律宾一样，常受到台风的侵袭，台风引发的巨浪，浪高往往可达二十公尺以上。
日本自古以来，想必已见识过大大小小的台风，就算当时没有现代气象科技的帮忙，所以还不清楚台风的走向与风力，不过藉由口语与文字的记载、流传，对于台风肯定有所了解。但是深处于内陆的蒙古高原的蒙古人，却是打从娘胎起就没有见识过台风。
这是史上最严重的海难，不幸的七万名蒙古大军，就在狂风暴雨的台风夜里，随着四千四百艘船一齐葬身海底。一艘都不剩？几乎是如此，不过蒙古军的领导将军，忻都却能逃回蒙古。
这代表的意思是，这位总指挥的船没有沉，所以他才能逃回蒙古，告诉忽必烈这项不幸的消息。指挥官的船想必会造的比较坚固，才能保障他的安全，所以纵使在狂风大浪之下，他的性命尚能保住。
不过其他的船都沉了，忻都的船却没有沉，这代表台风的威力虽然够惊人，但是造成几乎所有的船只都沉没的因素，除了自然因素之外，一定还有人为因素。否则为何独忻都的船能够抵御台风，其他四千多艘船却没有一艘幸免于难？
阴谋？是的，船是谁造的？蒙古征服中国时，文人志士文天祥的正气歌是唱不完的，至于一般的老百姓呢？
蒙古本是游牧民族，重牲畜甚于田地。他们对于种田的老百姓，大概视之为妨碍畜牧的障碍物吧，所以被征服的老百姓，下场并不会太好，就是死路一条。
那些造船的老百姓，该不会因为心不甘情不愿，加上怀恨在心，所以藉此造船的机会，在建造中的船上动点手脚吧？他们发现，船桅基座很多都有松脱的迹象，这造成船只的两舷不易平衡，风浪一来容易侧倾。
沉没的船只，竟然是河船，河船只适合于平静的水域行使，由于河船没有海船的龙骨，一遇到强风大浪，很容易就翻覆。为什么蒙古军竟然用河船当作海上运输船？很有可能是懂船的中国人提供河船给对于海事方面的知识一无所知的蒙古人搭乘，以报亡国之仇。
忽必烈为何急于攻打日本？身为蒙古帝国大汗的忽必烈，不可能不知道他的蒙古大军虽然擅长陆战，却不习海战的事实。奇怪的是，忽必烈却命令中国造船工匠限定于一年之内造出四千四百艘船以供蒙古军登陆日本使用。
这种急于出兵的态度，不但违背蒙古军每次出征前皆详细筹划侵略行动的作风，与先前忽必烈攻占中国南宋王朝时那种非常谨慎、甚至有些保守的态度大相径庭。然后就在忽必烈的急切需求之下，工人拼命赶工的结果，造成船只质量欠佳，故无法抵抗台风的吹袭，造成舰队覆灭的惨剧。
当忽必烈得知蒙古军惨败时，他的态度如何呢？他竟然没有严惩战败的将军，为何？忽必烈出兵日本的目的为何？
很可能是忽必烈预先就知道蒙古军搭上这种粗制滥造的船，一定会惨败。更有可能是，忽必烈发起征日军事行动的目的，就是借机消灭自己派出的这些远征军。太可怕了，忽必烈为什么要这么做？他为何要残酷地消灭自己的军队？
蒙古帝国自从成吉思汗之后，一直没有建立起正式的继承制度，所以每当大汗去世时，就是权力斗争的开始。各个兄弟间的暗斗化为明争，腥风血雨免不了上演一次。
忽必烈即位时，权力基础尚未稳固，事实上忽必烈自命为蒙古大汗的行为，竟然无法获得普遍承认。所以为了稳固地位，牢牢控制大权，忽必烈想必会使尽所有谋略。
当他接收前任大汗之军队时，心里必然会预先怀疑该军队对自己的忠诚度如何。难保忽必烈不会出现一不做二不休，把这只原本就不怎么信任的军队推进大海，来个一了百了的想法。
再加上忽必烈内心可是极度崇汉，也就是非常欣赏汉文化。从他不住蒙古包而选择迁都至大都、定国号为大元等行为即可略知一二。所以忽必烈与其他兄弟间对于蒙古帝国应该保有传统抑或吸引汉文化之路线争议，可说是可持己见，互不相让。
那么主张吸收汉文化、在成吉思汗的孙辈中又以深具谋略和工于算计出名的忽必烈来说，为了掌握大权，对于能藉由出征的名义来铲除异己的大好机会，当然是不放过的。总之不论忽必烈到底是不是早有计划葬送这批庞大的蒙军，至少忽必烈应该很清楚这批远征军最后的命运、下场是如何？
或许忽必烈是这么认为，将大批蒙古军队用船只载运到敌人近海，再直接沉入海底，正是最有效率的杀人方法。因为结果不是死于敌军武士的刀下，就是葬身海底，这对于拥有快速且具效率的杀戮经验的蒙古大汗来说，实非不可想象的事。
不管真象如何，蒙古军最终失败了。假设日本列岛被战胜的蒙古军全部占领的话，相信历史将会改写。日本保住了，日本人对此当然乐到不行；蒙古军压倒性的兵力竟然一夕之间遭到毁灭，而一向被视为可怕灾祸的台风，竟摇身一变成为了日本的救星，一切都是如此的不可思议，对日本人而言当然皆视之为神迹。
所以日本人就以想象的方式建构出一套神话，称这次台风为神风，意即此台风是神武天皇为了保护日本免受到蒙古军入侵所施展的，神风从此变成日本的不屈不败精神。日本人相信，每当面临最强大的敌人，神风将再度刮起，驱离敌人，保卫日本。
四千四百多艘蒙古军船舰的沉没，象征了蒙古帝国最后的命运。忽必烈死后不久，蒙古帝国迅速地陷入衰弱，而帝国最终的结局，就犹如这四千四百艘快速地沉入海底的运输船，消失在历史的舞台上，一切无影无纵。
灭宋之后，忽必烈对邻近诸国发动了一系列的侵略战争，如安南、占城、爪哇和日本等。第一次入侵日本遭遇到台风，无功而还。第二次分兵两路进攻日本，由忻都率领蒙古、汉军、高丽军从高丽东渡对马海峡，范文虎率领新附军从庆元浮海北进。元军在日本鹰岛遇到台风，战船多毁，将卒溺死者众多，又遭日军掩杀，几乎全军覆没。
忽必烈派遣忻都从广州渡海攻占城，连战逾年，镇南王脱欢发兵侵犯安南，命令忻都从占城北上助战，南北夹攻。安南王撤离都城，它的主力走匿山林，避免与元军决战；等待元军疲惫，又出而攻扰。
五月，脱欢因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退师，忻都战死。元兵两次从云南出侵缅国，进至蒲甘，强迫缅国定岁贡方物后退回。同年再侵犯安南，次年以粮尽师老北还。
史弼、亦黑迷失、高兴从泉州起航出侵爪哇，爪哇统治者降元，并请元军帮助讨伐敌国葛郎，打败葛郎王以后举兵拒元，元军力竭退师。