明教本来只是一个古代外来的宗教，明教究竟是一个什么样的教派？明教源出于波斯，本名为摩尼教，在唐朝武后时传入中土。
当时波斯人拂多诞持明教《二宗经》来朝，中国人开始学习此教的经典。长安洛阳建明教寺院大云光明寺，此后太原、荆州、扬州、洪州、越州等重镇，均建有大云光明寺。
到了会昌三年，朝廷下令杀明教教徒，明教的势力大衰。自此之后，明教便成为犯禁的秘密教会，历朝均受官府的摧残。明教为了图生存，行事不免诡秘，终于摩尼教这个摩字，被人改为魔字，世人于是称它为魔教。
二宗，所谓的光明和黑暗，即善和恶；三际所谓的初际、中际和后际，即过去、现在和未来。摩尼认为，在未有天地之前，存在着光明王国和黑暗王国，光明王国充满了善美，而黑暗王国则尽是丑恶，两者断然分开，互不干扰。
后来由于黑暗侵入光明，引起光明和黑暗的大战，于是进入中际时期。在中际，光明和黑暗相混合，天地和人类是这种混合的产物。摩尼的创立正是为了超渡人类的灵魂，使他早日摆脱黑暗的纠缠，重新回归光明王国。
摩尼认为，世界的末日终将到来，到那时地球将毁灭，光明和黑暗又将截然分开，回复到初际的情景，这也就是后际。因为它的教阐明宗，用除暗惑，所以在中国又被称为明教。
但是明教这一个称谓并非自始就有，在宋、元、明三代确实把这一教派称为明教，而在唐代则还找不到足以的证明唐人把摩尼教也称为明教。所以摩尼教是以创立者摩尼之名字命名，但是时长日久，该教逐渐华化，为中国平民百姓所接受。人们对它的称呼，也就取其崇尚光明的教义，称为明教。
摩尼教的创立，即在波斯帝国，当时处于萨珊王朝时代，境内广为传播，并迅速进入北非、欧洲、小亚细亚、中亚一带，同时由中亚传统的丝绸之路，传入中国内地。
有位波斯的摩尼高僧带着一部名为《二宗经》的经典朝觐武后，摩尼教在武后时期得到了优厚，一直到唐玄宗开元十九年仍然处于合法地位。但是到了开元二十年便遭到禁止，朝廷认为该教并非名门正派，妄称佛教，欺骗百姓，故不准中国民众信奉，只许在西域人中自行流传。
但时来运转，到了安史之乱之后，摩尼教却在中国盛行一时。缘因唐肃宗为了平定史朝义的叛乱，借助了居于蒙古地区的回鹘军队，而当时回鹘牟羽可汗带兵进入洛阳，接触了驻守洛阳的西胡摩尼教师，受他的感化而改信摩尼教，并把该教定为国教，命令举国上下一律奉行。
由是摩尼教借助回鹘的势力，在中国横行直走。朝廷摄于回鹘的要求，先后允许在京师、荆州、扬州、洪州、越州、河南府、太原府等地建置摩尼寺，称为大云光明寺。
此时为摩尼教在中国最风光的时期，当时摩尼教在传入中国的诸多外来宗教中，它的势力之盛仅次于佛教，居于著名的三夷教，即摩尼教、景教、祆教之首。
好景不常，回鹘被另一个称为黠戛斯的游牧部落所击败，国破西迁到甘肃新疆一带，无力支持它在中国内地的摩尼教徒。于是以反外来宗教而著名的唐武宗便放手迫害摩尼教了。
唐武宗连颁敕令，禁止摩尼教在华传播。这些敕令包括驱逐西域摩尼教僧侣，没收摩尼教寺庙及其中的财产，销毁摩尼教经典画像等。在这次迫害运动中，确实有不少僧侣因遭受恶待而致死。
并未见有格杀僧侣之明令，但无论如何，摩尼教经此一役，严重受挫，它残存于中国内地的教徒，无论是胡人还是汉人，都不能公开从事宗教活动了。在组织上，更不能与西域摩尼教总部发生联系，只能在中土自生自灭。
由于摩尼教失去与西域总部的联系，又处于非法的地位，所以派系各自为政，难有统一的组织。摩尼教尽管遭受到致命的打击，但是经书画像尚存，民间自行传习，不过对于官府的迫害显然心有余悸，所以多加变通掩饰。
知识阶层信教者，多崇尚该教的自律苦行精神，站在儒释道的角度，吸收该教的合理成分，自成其一宗。这些知识教徒效法佛寺道观，陆续建立了一些明教寺院，隐居其中，自我修持，坐而论道。这些寺院，最著名的有建于宋初或五代，位于浙江的崇寿宫，建于元代，位于福建泉州市晋江县华表山麓的草庵。
但知识教徒毕竟是少数，广大民众信奉摩尼教，则多是希望能借助这一个信仰和组织，解脱自己苦难的现实，所以多采用秘密结社的形式。宋代农民运动中，特别是在江浙和福建一带，反抗官府的农民所参加的诸多秘密会社中，不少都吸收了摩尼教的成分。而在元代，无论是寺院式的明教，或是秘密结社式的明教，都是相当的蓬勃。
食菜即是素食，许多民间教派都有这一个戒律，而事魔，则是敌方人士对这些教派的贬称，说他事奉妖魔。统治者把所有素食的民间秘密结社都指斥为吃菜事魔，所以在官方的条令中，被指为食菜事魔的，可能是明教徒，也可能是其他宗派的信徒。像方腊这个著名的农民领袖，也曾被斥为食菜事魔，所以总认为他就是明教徒，但是方腊与明教实为风马牛不相及。
中原英雄倾心归附明教，明教数百年来，一直为人所不齿，被视为妖魔淫邪，经此一番天翻地覆的大变，竟成为中原群雄之首，克成大汉子孙中兴的大业。其后朱元璋虽起异心，迭施奸谋而登帝位，但助他打下江山的都是明教中人，是以国号不得不称一个明字。明朝自洪武元年戊申至崇祯十七年甲申，二百七十七年的天下，均从明教而来。
朱元璋一伙说成是明教徒，说他的江山是明教中人打下的，所以国号不得不称一个明字，认为明朝与明教有着密切的关系。与其说朱元璋一伙是明教徒，不如说他们与白莲教等其他秘密教派更有密切关系。
宗教的教义礼仪都是互相渗杂，互相吸收的，民间宗教更是如此。与朱元璋一道反元的起义各教派，不无吸收明教的某些教义礼俗，其中也有自命为明教者。但如果说朱元璋便是明教徒，大明帝国是明教徒打出来的，明朝国号源自明教，这尚缺乏足够的证据。
历史上，中土明教与波斯总教究竟存在着甚么关系呢？在唐代中国传播的摩尼教，并不是直接来自波斯的摩尼教总部，而是来自独立的中亚摩尼教团。这个教团的祖师爷是教主摩尼的高足阿莫大师，阿莫是安息人，通晓安息语文，即帕提亚语。又与东方的诸多王公颇有交情，他的手下有一批得力随员，他们有精通教义，有谙于中亚各种语文，有擅长绘画，所以在东方传教取得很大的成功，建立了一个庞大的教团。
根据波斯摩尼教的历史，波斯国王瓦赫兰一世将摩尼处死，接着在全国对摩尼教实行全面迫害，迫使许多摩尼教徒向东逃亡。东逃的摩尼教徒投入了中亚教团，使该教团势力大为增长。
这个教团就与设在巴比仑的摩尼教总教会决裂，宣布独立，它的领袖名为撒特．奥尔米兹。该人本来自巴比仑总部，中亚教团的总部设在河中地区著名的撒马尔汗，流入中国的摩尼教乃属于中亚的摩尼教团。所以中土的明教并未曾有隶属过波斯巴比仑的总教会，既然中土明教是属辖于中亚总教，所以中亚总教派遣使者到中国，是经过陆上丝绸之路。
元顺帝时，不论是波斯或是中亚，整个西域地区已经伊斯兰化了，摩尼教在西域已经销声匿迹。
明教徒要素食，这是一条重大原则，张无忌见到所谓明教徒的朱元璋、徐达一伙在吃牛肉，为之一凛，但是徐达却辩解：“我们教规的第一要义是行善去恶，吃肉虽然不好，但那是末节。”
明教教规本来所谓食菜事魔，禁酒忌荤，自总坛迁入昆仑山中之后，已革除了这些饮食上的禁忌。西域蔬菜难得，贵于肉食，再加上气候严寒，倘不食牛羊油脂，体力稍差者便抵受不住。
明教徒的食菜，并不是限定只吃蔬菜，而是所谓的素食。古代西域广布绿洲，盛产瓜果，这些正是摩尼教徒最为理想的食物。他们吃瓜果的时候，甚至连里面的籽都吃下，因为他们认为这瓜籽包含的光明成分特别多，对于净化自身的灵魂大有裨益。
明教徒素食的戒律始终并没有被取消，除非是叛教者。也正因为它以素食为特征，所以教外人和今人才往往容易把那些忌荤斋食的教派与明教挂勾。
明教徒的服饰，明教徒穿白袍，袍上绣着一个红色火焰。摩尼教的出家僧侣是要戴白帽，穿白袍，至于一般信徒，则无此要求。宋元以秘密会社为形式的明教徒，即使不出家，也崇尚白色，所以多有穿着白衣的人。
摩尼教徒崇尚光明，但他们并不拜火，拜火是火祆教的特征。火祆教源自波斯的琐罗亚斯德教，该教认为崇拜圣火可以通神，故在教徒的聚居地，必定要设立火坛、火庙，以供朝拜，但摩尼教并没有这一个礼仪。