施琅平定台湾之后，在清廷内部产生了一场对台湾的弃留之争。许多大臣对台湾的战略地位缺乏认识，主张将台湾人口迁往大陆，放弃台湾的土地。康熙也一度表示赞同此议，认为台湾仅是弹丸之地，得到了也无所加，失去了也无所损。
看到朝野上下弃守之声高涨，施琅心急如焚，连忙上奏坚决主张驻守台湾。在奏疏中，施琅指出，台湾事关江苏、浙江、福建、广东等地的防护重任，万万不能丢弃。
他用自己的亲眼所见，进一步的论证说，台湾土地肥沃，物产丰富，可为东南沿海地区提供重要物质保障。另外他还告诫说：“对台湾这个地方，荷兰等外国侵略者无时不想侵占，我们如若不守住，他们一定会卷土重来。台湾一旦再被外国侵略者侵占，那时再出兵远征，将会难于登天。”
施琅的上疏雄辩有力，一些大臣赞同他的建议，这促使康熙改变了主意，下决心守住台湾。施琅在福建任上病逝，享年七十六岁。康熙皇帝闻讯之后，痛心不已，下令厚葬，加赠太子太傅，谥号襄壮，并在泉州府学前建祠纪念。
然而三百年来，施琅也一直是位争议人物。关于他的历史定位问题，历来存在不同的声音。施琅的一生，不外乎两件事，一是反郑降清，一是统一台湾。也正是这两点，构成了后人对他评价褒贬扬抑不一。
如果说施琅降清是出于报私仇，那么后来他的所作所为已经远远超出了个人的狭隘视野。无论是在征讨、弃留台湾问题上，还是在善后、治理台湾问题上，施琅都高瞻远瞩，为了维护国家和民族利益做出了不可抹煞的功绩，无疑是那个时代的杰出政治家、军事家和爱国主义将领。
如果从民族英雄和民族败类的角度来评判施琅，则不免又有狭隘的民族主义的嫌疑。因为无论是统治元朝的蒙古族，还是统治清朝的满族，他们都是中华民族大家庭的一员，谋求中华民族的大一统是每一个炎黄子孙的责任。
清朝是中国历史上的重要王朝，满族是中华民族的重要成员。满族源于女真，后来改金，再改为清，主要居住于东北和华北各地。满族贵族在一部分汉族地主武装的配合和帮助下，取得中国统治权，紧接着发动了长达一个多世纪的统一整个中国的战争，终于开创了中国的空前大统一局面。
但是长期以来，由于满族统治者专制残暴，加上人们认识上的一些偏差，有些人把清政府统一中国这件大事，说成是异族入侵。因此有人把施琅看作为民族的败类。
施琅降清但不叛郑。施琅投清后协助清政府实现大陆与台湾的统一，正是郑成功当年奋斗的目标，正所谓殊途同归。郑成功的复台和施琅的复台虽各有具体原因，但是都隐藏着中华民族的大义。两人的处境不同，征台的出发点不同，但是他们对台湾战略地位的重要性则有同样的认识，都坚定地主张保卫台湾。从他们两人对台湾的认识来说，施琅不是郑成功的叛徒，而是他的继承者。
在施琅的故乡福建省晋江县施琅纪念馆中，有一幅对联就是这样写的：平台千古，复台千古；郑氏一人，施氏一人。后人这样把施琅与郑成功相提并论，应该说是抛开个人感情的，是基于中华民族的大义而对他们的历史功绩的肯定。
在一六八三年，康熙下令要沙俄把盘踞在大清领土雅克萨等地区的沙俄军队撤离，可是当时的沙俄侵略军不但不理睬，反而更加的变本加厉的跑到瑷珲来打劫掳掠，于是当时的清兵将领萨布素出兵就沙俄的侵略军打败了，还将当时侵略军在黑龙江下游建立起来的军营据点给烧毁，使得雅克萨成了一座孤城。
在这样的情况下，沙俄侵略军还想着负隅顽抗，为了彻彻底底的清除掉沙俄在大清领土上的侵略势力，康熙皇帝派出了都统彭春带兵赶到了瑷珲，负责把雅克萨给收回来。
在这样的情况下，彭春率领了军士三千多人，并携带了战舰以及各种先进火炮等兵器，从瑷珲出发分成两路队伍攻击雅克萨，一路从陆路行进，另一路从水路进攻，并在一个月后兵临雅克萨城下，向当时的沙俄统军头领托尔布津下了最后的通牒，但是托尔布津以雅克萨城为据点，拥兵五百人，还有炮数门，枪数百支，拚死守城。
彭春没有办法，只能在第二天下令水陆两路兵马攻城，当时的陆军攻击雅克萨的南边，而战舰等水路的军士则在雅克萨的东南方向攻击，在城北则有各种火炮进行射击。一直到了第三天的黎明，清兵的火炮攻击的沙俄军队伤亡惨重，无法再支撑了，托尔布津终于派人请求投降。就这样清兵把沙俄侵略者给赶到了尼布楚。
沙俄侵略者虽然被赶出了雅克萨，可是莫斯科沙皇依然是贼心不死，想寻机再次侵略大清国土。莫斯科派出六百军士到尼布楚，听到了清兵撤回的消息之后，托尔布津再次率领了大批沙俄的侵略军前来侵犯雅克萨。
沙俄的这种打赢是一套，打输了又是一套的做法，让清政府很生气，在第二年初的时候，康熙皇帝下令反击沙俄的侵略。
这一次清军采取的把雅克萨包围起来的作战方案，勒令托尔布津投降，可是托尔布津并不理睬，于是在清军的进攻中，托尔布津中弹而死，到最后整队的沙俄侵略军只剩下了六十六个人，这时候沙皇赶紧派人向清廷请求撤兵，并派出使者商定清廷沙俄之间的边界。
就是这样，中俄之间缔结了《中俄尼布楚条约》，条约规定了以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河河边为中俄两国东段的边界。而黑龙江以北，在外兴安岭以南和乌苏里江以东的地区都是清朝的领土。
可以说清朝的这一仗，直接打碎了沙俄往东扩张的想法，也证明了清朝初期的军事实力。
此战发生在清朝初兴的康熙皇帝在位时期，也是中国对俄国的第一次大战，中国以强大的军事实力战胜了在亚欧大陆上所向披靡的俄国老毛子军队，这就是中国人耳熟能详的雅克萨之战，而此战的结局其实却是中国胜而不胜，老毛子败而不败，中国作为战胜国，却丢失了几十万平方公里的土地，想来实在的痛心。
雅克萨这个地方在今中国漠河黑龙江主航道以北的俄罗斯阿尔巴津诺，当时这里当然属于中国。清朝与俄国之所以在这里交战，是沙俄侵略者妄图侵占中国黑龙江流域大片领土，中国军民被迫进行的一次反对侵略、收复失地的自卫战争。
清康熙二十四年至二十七年，中国军队为收复领土雅克萨，对入侵的俄军所进行的两次围歼战。是中国对俄的第一次自卫反击战。
俄国直到十六世纪时，仍然是欧洲一个不大的封建农奴制国家，和中国相隔万里。在十六世纪初逐步对外侵略扩张，由欧洲一个不大的公国发展起来。还在明朝的时候，沙俄就越过乌拉尔山向东侵入中国领土，到清朝建立时，俄国人已经入侵到黑龙江流域及附近的地区。
黑龙江流域自古以来是中国的领土，满族的祖先肃慎族就生活在这里。从唐到明的历代朝廷，都在这里设置行政机构，行使管辖权。清朝建立之后，继续对这一地区行使管辖权并加强了统治。
顺治末年至康熙初年的时候，俄国人利用清廷忙于国家统一和平定三藩之乱，侵占了中国领土尼布楚和雅克萨等地，并在那里构筑寨堡，设置工事，还以此为据点开始对黑龙江中下游地区进行掠夺。对俄国老毛子的侵略行径，康熙帝多次遣使进行交涉均未奏效。这使康熙帝认识到只有使用军队才能驱逐沙俄侵略军。
为此他赴关东东巡了解黑龙江流域的情况，并布置了作战准备。康熙二十二年，清军派人勒令雅克萨等地的沙俄侵略军迅速撤离。俄军头目不予理睬，反而派人窜至瑷珲抢掠，清朝将军萨布素将其击败，并将黑龙江下游沙俄侵略军建立的据点全部焚毁，使雅克萨成为一座孤城。
但老毛子仍然负隅顽抗，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命令都统彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。清军约三千人在彭春统率下，携战舰、枪炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发，分水陆两路向雅克萨开进，抵达雅克萨城下，当即向侵略军头目托尔布津发出撤离通牒。
但是托尔布津自恃巢穴坚固，有兵四百五十人，炮三门，枪三百支，拒不从命。清军分水陆两路列营攻击，陆师布于城南，集战船于城东南，列炮于城北。黎明清军发炮轰击，俄毛侵略军伤亡甚重，托尔布津乞降，遣使要求在保留武装的条件下撤离雅克萨。经彭春同意后，俄军撤到尼布楚。
清军赶走侵略军后就毁了老毛子建的雅克萨城，之后即行回师，只留部分兵力驻守爱珲，另派兵加强黑龙江一带防务。
但是沙俄老毛子被迫撤离雅克萨后贼心不死，继续拼凑兵力，图谋再犯，沙俄又派兵六百增援尼布楚。当获知清军撤走时，侵略军头目托尔布津立即率领大批沙俄侵略军再次窜到雅克萨。康熙帝听说后生气，立即下令反击，于是清军二千多人又进抵雅克萨城下，勒令沙俄侵略军投降，托尔布津不理睬，清军开始攻城，托尔布津不久后中弹身亡，俄毛改由杯敦代行指挥继续顽抗。
这次战斗打的时间很长，沙俄军队被围困后战死病死的很多，八百多人最后只剩六十六人，于是俄国方面请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚，雅克萨反击战结束。
这本是一次漂亮的对外反击战，清朝军队完全可以趁热打铁进一步向俄国老毛子施压，将他彻底逐出黑龙江流域，或者挥军西向，攻克老毛子的雅库茨克据点，占领广大的西伯利亚，但是中国人在土地上的进取心相对于俄国老毛子实在太少了，此战虽胜，却并没有起到胜利的大作用。问题就出在战后两国签订的一个貌似平等的协议《尼布楚议界条约》上。
这次战后和谈事宜的中方全权代表就是索额图，俄方谈判代表名叫戈洛文，这人在谈判技巧上大大强于索额图，致使索额图数次对他让步，最终签署了《尼布楚议界条约》，致使中国打了大胜仗却还让老毛子占了大便宜，中国落了个虽胜实败的结果，让人不得不感叹的确是三寸舌强于百万雄师啊。
这个条约的签订，是索额图代表清政府做了无原则退让的缘故，索额图基本没有利用战争胜利的影响，而对方谈判代表对他的攻心战术下就把贝加尔湖以东，原属中国的尼布楚富庶地区拱手让给了俄国，造成了重大国土损失。但条约好在还规定了以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。
还有一点就是该条约还明确将北诺斯山与南支之间北到北冰洋、东到白令海峡，包括勘察加半岛和整个乌第河流域在内，面积不小于三百万平方公里甚至更大的广大疆域，定为待议地区。但是之后一百年中，清政府未议该地区，之后清朝积贫积弱，而且世界政治格局巨变之下，那些地区当然也极难再议了。
更让人痛心的是，《尼布楚条约》的签证还产生了一个极恶劣的影响，就是之后对外签订的条约协议开始照此蓝本而不计土地损失，于是随着清朝一个个条约的签订，中国割地赔款现象层出不穷。