宫野明美被警方带走了，那十亿元也如她所说在旅馆的柜台找到，钞票编码也和被抢到钱一致。
根据宫野明美提供的信息，警方在港口搜寻了几天，没有找到任何有关黑衣人或长木千的线索。
长木千的尸体就这样不翼而飞。
柯南暗自发誓——
总有一天，我一定，要把那群黑色衣服的王八蛋给揪出来！
日子一天天过去，按着这个世界诡异的时间规律，前一秒还是春天，下一秒就可能变成冬天。
柯南被几个同班的熊孩子缠着，一起成立了少年侦探团，还从阿笠博士那获得了新道具——可以发射麻醉针的手表，和变声器配合，帮助毛利破解了许多起案件，毛利也因此获得了“沉睡的小五郎”的称号。
柯南也又在新干线上遇到过给自己灌药的那两个黑衣人，顺便解决了他们给客户留下的炸弹，真是对客户不友好的商家，钱到手就搞死客户。
那两个黑衣人——一个高个、银色长发、疑是外国人、眼神像能若无其事杀人一样冰冷，代号琴酒；另一个矮壮、常带墨镜、总是称呼琴酒“大哥”，代号伏特加。
所以是以酒为代号，以黑色为特征的组织吗……
话说长木千也喜欢穿黑色衣服…但是他被琴酒杀害了，应该不是组织的人吧…小千哥的尸体到底是怎么消失的……
柯南托着腮，思考着这个一直萦绕在脑中的疑惑，直到那几个侦探团的熊孩子拉着自己讨论马上要来的转学生会是什么样。
小岛元太：“最好是很可爱的~”
圆谷光彦：“不对，个性好才重要。”
吉田步美：“柯南，你觉得会是怎样的人？”
“我？不知道。也许是个只会念书的书呆子。”
元太：步美，你刚在办公室有看到人吗？
“没有。只听到姓灰原。”
“好怪的姓哦。可是跟柯南比就正常多了。”
柯南：“呵呵。”要你管。
就在这时，班主任小林老师带着一个茶色微卷短发的女孩子进了教室。
全班：“哇——好可爱~”
“这位就是从今天开始要和大家一起读书的灰原哀同学。大家要好好和她相处！那灰原同学就坐在……”
元太跃跃欲试：“老师，这边！我旁边有空位……”
灰原哀一脸冷漠，没有管兴奋的元太，径直经过那个空位，走到柯南旁边坐好。
“请多多指教。”
“啊、喔……”
柯南看着这个平静脸的女孩子，不知怎的就想起来消失的长木千。
放学后，活泼的步美想与新同学拉近关系，邀请灰原哀一起回家。
“米花町二丁目22号。”
灰原哀报出自家地址，柯南觉得这个地址有点熟悉，好像就在自己原来的家附近吧，可是周围没什么公寓，也没听说过姓灰原的人家……
几个熊孩子又向灰原炫耀少年侦探团的事，吹牛说每天会收到很多委托，实际上，小猫三两只。
但今天还真的收到了！
是隔壁班的同学拜托他们找失踪的哥哥。
……
柯南双手抱着脑袋，旁边是抹眼泪的灰原哀同学，柯南要送她回家。
那孩子的哥哥找到了，是被制假钞的组织抓去画假币模板，那个组织深通灯下黑的道理，就把据点安在警察局旁边。
当然，在主角柯南的带领下，作死的少年侦探团还是又一次粉碎了坏人的阴谋。
之前听那孩子说，带走哥哥的是一个黑衣女人，柯南还以为是碰上了组织的人，结果只是一个外号“银狐”的惯犯。
至于灰原哀，她捡起银狐的手枪开了一枪，然后被赶到的目暮警官以违反《枪炮管制法》训了一句就哭了。
所以柯南才帮忙送她回家。
“别哭了，你家在这附近吧？那接下来你自己会走了吧？”
柯南挥手告别，想溜的步伐因一句话止住了。
“APTX4869.”
“啊？”
“你知道这是什么吗？”
“就是你被灌下的药物的名称。”
柯南想装傻糊弄，怀疑这是一次对他的试探：“你在说什么？我不知道什么药呀？”
“药名应该没错才对。因为那药是组织命令我做的。”
“组织？你做的？哈哈，你一个孩子，怎么……”
柯南的笑声有些僵硬，女孩还在继续说着考验柯南心脏的话。
“跟你一样，我也吃了那药。因为细胞自我破坏程序的突发性作用，除了神经组织以外，骨骼、肌肉、内脏、体毛等所有细胞都退化到儿童时期。它是一种神秘的毒药。”
“灰原……难道你……”
“我不叫灰原。”，女孩把发丝撩到耳后，露出精致的侧脸，“我叫雪莉。这就是我的代号。如何？吃惊吗？工藤新一。”
柯南吓到面无人色。
“你是黑衣男子的同伙？”
“你没时间吃惊了，迟钝的侦探。”
“什么？”
“我告诉过你，我住在米花町二丁目22号……就在你家附近。你应该知道在哪吧？”
难道，是阿笠博士家？
柯南赶紧拿出耳环形通讯器，拨打博士家的电话，可是毫无回应，女孩还在一旁吹凉风：
“没用的。话筒已经被拿起来了，所以打再多次也是电话中，而且他也无法再接电话了——他已经不在这世间了。”
女孩轻飘飘的话，仿佛是恶魔的低声喃语，扼住柯南的心脏，让他无法冷静思考。
柯南立马跑起来，直接冲进阿笠博士家，增强脚力鞋已经打开，电力和磁力刺激脚上穴道，让他随时能发挥自己高超的踢球技巧，攻击敌人。
在推开房间门后，他看到，一个黑风衣、黑礼帽的银色长发男子背对着门口，站在趴在桌上的毫无动静的白大褂博士身后。
“博士！”
柯南取下书包，准备踢出的脚在看到银发男子回过头的脸时僵住了。
那张好看到让人过目不忘的脸，柯南当然记得，还是深深记得。
“长木千……哥哥？？”
因为太过惊讶，差点直呼其名，还好加上后缀圆了过去。
“不欢迎我吗？”
还是熟悉面瘫加AI语调，柯南确信自己没有认错。
“没有，不过你怎么——”
“我回来了。”
灰原哀飘过，坐到沙发上，收拾书包。
“小哀，他果然把我当成琴酒了”，长木千摘下帽子，脱下风衣，露出短袖衬衫，“大热天的，也不知道琴酒怎么耐得住。”
“……你和他们不一样。”
“说的也对。”
博士被吵醒了，看到两个仿佛仿真机器人的面瘫在对话，还有一脸懵逼的柯南。
[小剧场]
灰原哀：你今晚能穿黑风衣，戴上黑礼帽，在有人进来的时候背对门口站吗？
长木千：（秒懂）哦~可以呀~
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