如果说“伊贺忍者”产生是来自“恶党”，那么“甲贺忍者”则是由修验道场产生的。
甲贺三山的主峰饭道山（滋贺县信乐町），山高664米，是被称为“近江大峰山”的山岳信仰灵地。相传其开山者是修验道场的祖师——役行者。
役行者，据说因为他头上有角而被称为“役小角”。他出生于现在的日本奈良县，也就是本书中名川千美的家乡。御所市撰写的《日本灵异记》中对他有这样的描写：“生而博学，恒信佛法。每天乘五色祥云在天空中飞翔，与仙人携手游览于永生之界，在遍布鲜花的庭院里休憩，吸取长寿之气。更进住岩窟，着葛衣，食松针，浴清泉，尽去人间之污秽，修炼孔雀王咒经的咒法，得不可思议法力。”他把中国的神仙思想引入了佛教，并创设了山岳宗教。
到了文武天皇时代，因有人进谗言污蔑役行者欲灭天皇，役行者被逮捕，流放到伊豆的一个小岛上。据说在流放地，他白天尊天皇之名在岛上修行，晚上飞到富士山上修炼，三年后获得赦免，得道成仙。
这位传说中修得了更在忍者之上全部忍术的役行者，便是修验者的祖师。
此外，由役行者开山的饭道山周围多产良木。在东大寺的二月堂兴建之时，良弁和尚在饭道山饭道神社的帮助下征调了不少木材。
圣武天皇之所以在饭道山麓兴建紫香药宫，也是因为这里有大量木材可供营造宫室。在这种自然条件下，自然而然地诞生了优秀的林业集团。虽然紫香药宫没多久就被废弃了，但是在当地产生的林业集团，即其后形成甲贺忍者的杣五家，却因此走上了地方武士的道路。
另一方面，饭道山的修验者们以饭道五院的寺院为中心在中世繁荣起来。室町时代初期僧籍人口达五十八人。修验者们住在山麓娶妻生子，浑然一体，落地生根拥有土地，把修验中获得的知识渗透到农村，也走上了地方武士的道路，但他们不是纯粹的武士，把他们归入“恶党”是最恰当的。他们中的多数人以祈祷、卖药为生，在甲贺，这些人被认为是最后形成忍者军团的核心人士。
“甲贺忍者”的崛起开始于大破名闻天下的“钩之阵”
南北朝的内乱，一方面，使得甲贺领域内庄园领主的统治力逐渐削弱；而另一方面，地方武士的势力则开始增长。这些地方武士代庄园收取年贡，并将收来的年贡据为己有，以此为资金发展自己的势力。
地方武士之所以敢私吞年贡，是因为以近江守卫之职居于观音寺城的佐佐木六角氏在背后给他们撑腰，所以甲贺的地方武士们成了坚决支持六角氏的武士集团。也因为如此，失去了年贡的比叡山和朝廷大臣等数个势力集团把愤怒的矛头指向六角氏及其属下各势力集团的，于是他们强烈要求足利幕府对六角氏进行讨伐。足利幕府经不起这些人的要求，派第九代将军义尚终于亲自披上了红色铠甲出击，于长享元年（1487）在甲贺钩村的安养寺构建宫室，设立了本阵（也就是大本营），这就是所谓的“钩之阵”。
在一个风雪交加的晚上，甲贺的五十三家地方武士们聚集起来，开始对钩之阵发起奇袭。
他们着黑色装束，带着不同于武士们的武器和各种小巧实用的装备，以极其敏捷的动作越过了壕沟和城郭等障碍，随后用火药放出大量烟雾，同时四处纵火烧毁了城郭和城楼，六角氏在这场战役中几乎就是凭借甲贺地方武士这种非常规游击战法获得了最终的胜利。
这一战之后，随着“甲贺武士使用的是忍术”这一说法的不断传播，甲贺忍者的名声开始威震全国。
在这次战斗中，五十三家甲贺武士中，有二十一家因军功卓著而获得了六角氏颁发的奖状。据说从此甲贺的地方武士对六角氏的忠诚便颠扑不破。因此六角氏所给予的，在他们看来是比金钱更重要的身份和地位。
日本战国时代是一个普遍以下犯上的时期，但在几百年的辅佐时期“甲贺忍者”却没有以下犯上的现象出现——这也是“甲贺忍者”最重要的特征。
从大破“钩之阵”之后，甲贺五十三家中产生了指导者。但他们却没有自成一国，而是整个甲贺地方武士集团团结共进。之所以产生这种局面，一是因为他们的实力都在伯仲之间，没有绝对可以凌驾于他人之上者；另外兵力和财力都相对平均化，而且分家也不受本家统制，都是各自为政，因此没有构成独立一国势力的必要基础。
在整个甲贺郡，有着将近三百座城池，这些城都是方形居馆，连形状也都几乎一样，绝大多数都坐落在视野良好、可以将周边景物尽收眼底的丘陵顶部，每边都是长约五十米的城郭，外面设有空壕。另外有些同一血缘的忍者，还会共同建筑一座供逃跑时候落脚用的隐秘山中小城。
各个地方武士之间按血缘关系形成的集合，在那里被叫作“同名中惣”，同时他们还加强了横向联系，组织了名为“甲贺郡中惣”的地方小领主联合体。但这些小领主们并不是一个全员一致的统一联盟，而是一个各自具有一定自主性的联盟。这样的体制客观上形成了适合忍者成长的土壤。所以从此忍者走出了甲贺，开始在各地接洽适合他们完成的工作。
“伊贺忍者”和“甲贺忍者”师出同源且多有亲戚关系，但因彼此的主君（雇主）多处于敌对关系，所以他们便不得不同室操戈。另一方面，为了使“忍术”世代相传，他们之间也不得不频繁通婚，因此两者又有唇亡齿寒的关系。忍者在以下三个时代最为活跃：十一世纪末至十二世纪末的源平时代、十三世纪的南北朝时代、十四世纪中旬至十五世纪末的战国时代。其中战国时代也可以说是忍者“百花齐放，百家争鸣”的时代。