上午时分，随意镇正是鸟语花香，阳光正好的时候。考古家族东部正门，几位女仆正安排宾客们离开，前往在旅馆提前准备好的房间休息。尽管一些宾客不满，但在女仆们温柔地道歉和安抚中，还是暂时冷静下来。
不过，发生这种不合常理的事情，自然有人觉得奇怪，试着想要探查缘由。没有老实回去，于是，不知不觉，“考古家族消失了”的流言就渐渐传播开来。有些宾客不顾女仆和考古家族护卫的阻拦，硬是闯入东部正门里。只是没过多久，他们便痴痴傻傻地回来了，口里疯疯癫癫地说道：“消失了，真的消失了……”
大吾也来到了考古家族，他爷爷和小夜奶奶尝星并为神奇宝贝世界三大炼金大师，以前又是一起旅行的旧友。这次悟松的爷爷有事不能来，偏偏他又是个万事都不能忘了礼数的人，就让孙子代替他来考古家族一趟。
不仅如此，大吾的好友（他自己擅自定义的）小夜今天也是生日，他也准备了很棒的礼物来这里拜访呢，顺便看看神奥地区的石头。真的只是顺便！
原本大吾早就该来到考古家族的，只是昨天在钢铁炭坑博物馆里耽误了不少时间，今天早上来得有些晚了。现在，他看到考古家族原来的位置，那彷如黑色尼亚加拉大瀑布一样的无底深坑，那深坑周围密布的黑色的空间裂缝！大吾感觉有些头皮发麻！他默默祈祷：“小夜，你千万不要有事呀！”
考古家族内部，异空间中。这里十分奇怪的有着空气。尽管地下研究所的警报疯狂响起，也没有任何回应，只是让这里显得更为安静罢了。
事实上，如果有人醒着，说不定会再次吓晕过去，因为才过了这一会儿，警报的等级就上升到了警报系统建立以来的最高等级——红色警报！一般情况下，除了十级大地震，实在也想不出还有什么可怕的灾情能让警报系统发出红色警报！
不过，现在任凭刺耳的警报响起，也没有人理会。整个考古家族，无论人类还是神奇宝贝，几乎全都陷入沉睡之中。唯一醒着，只有沙奈朵和六位金色念种者。几人虽然不知道是怎么回事，但也清楚，再这样下去一定会出现问题。于是，几人商量了一下，决定出手阻止“小夜”。
只是，还没有等他们出手，时间神帝牙卢卡和空间神帕路奇犽就出现了。两只神奇宝贝一前一后进入异空间中，看清了这里的情况，不由分说地攻击起“小夜”！绝技时间咆哮（释放能够扭曲时间的强大力量攻击对方。下一回合无法行动）和隔空切断（释放出能切裂空间的巨大能量，将对方连同其周围的空间撕裂。容易击中要害）对着“小夜”酝酿起来。
并不是他们看“小夜”不顺眼，而是击败“小夜”是最好的办法。第六序列图腾本来还没有成熟到可以和第四序列图腾对抗的地步，雪儿借助了小夜的身体和六颗金色念种以及无数未知图腾的力量才能与第四序列图腾抗衡。只要击败“小夜”，战斗就会立刻停止！
小夜奶奶在两只传说神奇宝贝出现的刹那，脸色就变得雪白。多少年没有露出的惊慌神色出现在她脸上，让其余几人十分惊讶。当两只传说神奇宝贝要攻击“小夜”的时候，小夜奶奶不禁面露绝望，浑身颤抖起来！
“小夜”似乎察觉了她的变化，回过头来对展颜一笑：“不必担心，我会一直保护他的，不会让任何人伤害到他！”
“小夜”身上一道彩光落下，路卡利欧凭空出现。“小夜”右手食指和中指轻触左手拳套上的进化钥石，路卡利欧开始超进化。同时，“小夜”右手“神之七情”上青色的水晶一阵闪耀，沙奈朵身上螺旋光芒闪耀，也开始超进化。
只是超进化需要时间，眼看两个技能就要击中“小夜”，观日不知何时放出的大剑鬼挡在“小夜”面前，双持两柄大剑狠狠击向对面而来的两个技能。
“轰！”一阵剧烈爆炸中，大剑鬼深受重伤，但是勉强阻拦了两只传说神奇宝贝的技能。另一边，超级沙奈朵和超级路卡利欧出现。
念珠和托罗斯普不是第一次见到超进化了，今年世界之树联盟大会中，十绝地就公开使用了超进化，当然，是那种不借助道具的超进化。如今，即便“小夜”借着道具才完成了超进化，但终究是掌握了超进化的法门，这让他们震惊莫名。
另一方面，棕发中年男子却有些失望，“神之七情”的能力竟然只是超进化。虽然十分厉害，但对于自己的目的完全没有什么帮助。
超进化后的沙奈朵异常美丽，减少了一分婉约和柔美，多了一分女皇般的华贵和威严。她微微张开手臂，似乎就能拥抱一切般的包容力和掌控力，让她如黑夜中的明月一样闪耀！
当然，那在没有超进化时就能差点秒杀三头龙的妖精系技能月亮攻击（借用月亮的力量攻击对方，有一定几率降低对方的特殊攻击能力），此时更是让挨了一下的帕路奇犽四处躲闪，怎样都不愿挨第二下。同样，超级路卡利欧适应力（增强同属性技能的力量）特性加持的波导弹也让帝牙卢卡十分忌惮。“小夜”似乎算计好了一切，两只神奇宝贝无论属性还是技能都克制两只传说神奇宝贝。
“小夜”见超级路卡利欧和超级沙奈朵勉强牵制住了两只传说神奇宝贝，感觉到身边的变化，回过头来，对棕发中年人说到：“超克家族的人，让你的席多蓝恩安分点！我可不是小夜，对人类可不会手下留情！你们这群被阿尔宙斯抛弃的弃子，还是老老实实看你的戏吧！运气好的话，也许今天你还能够真正见到它呢……”
棕发中年男子听着“小夜”的话，脸上先是惊骇，然后是愤怒，最后变成不可思议！其他五人看着他，也是表情各异，各有所思！闻月似乎想起了什么，看着棕发男子眼里充满愤怒和仇恨……
“小夜”见棕发中年男子安分起来，一伸手，铃xiong口的水晶铃铛就出现在她手里。“小夜”脸上露出有些得意的笑容，心中暗道：“没想到遇到这样好的宝物，来吧，传说神奇宝贝们，来更多的传说神奇宝贝吧……都成为我的傀儡，去帮我教训那冒犯我，伤害主人的第四序列图腾吧……”
念力金塔中的念影之灵，看到“小夜”那得意的笑容，感知到她手里的水晶铃铛，吓得脸色发白！那神情，就像小夜被吓得脸色发白一样，有些滑稽。
“不会吧，催眠魔铃，第六序列图腾不会这么疯狂吧……胡帕，快出来，去通知第二序列图腾，现在只有他有办法阻止他们了！”念影之灵说完，就消失在箱子空间中。
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