自扬威号冲锋被击沉，济远管带方伯谦如汉城那般故技重施，又是首先逃离战场，致将北洋舰队的阵型牵乱。
广甲与济远组编一队，广甲管带吴敬荣见济远方伯谦撤退，以为有例可援，随之逃跑。因惧怕敌军战舰追及，慌不择路，逃至大连湾三山岛外便触礁搁浅了。吴敬荣率众纵火弃舰，登岸逃命，此时数艘日军战舰追至，广甲被日军战舰一轮齐炮击沉。
日本第三游击队见济远撤走，也曾奋力追击，因相距太远，追之不及，想折回集中火力围攻位于北洋舰队右翼阵脚的致远号。
第三游击队的扶桑号在回撤过程中被黑旗水师天马、飞鹰两艘战舰拦截，在一轮排炮之后，扶桑号的甲板和炮弹室中弹起火，舰长新井有贡的一条手臂给弹片整齐切割下来，当场昏厥。
从整个战斗场面看，黑旗水师的巡洋舰战斗力还算不错。但在摆开阵势的海战来看，很多问题便暴露出来了。
或许是受到吨位的限制，灵活有余，防御性能不足，作战起来的时候，远不如镇远、定远这两艘旗舰那么坚挺。
虽然防御力略显不足，但在炮火方面还是发挥了很大优势的，但凡被黑旗水师集火的日军战舰，无一幸免都会受到不同程度的伤害。
打到这个时候，黑旗军已经损失了天秤、水瓶两艘巡洋舰。水瓶号被击中时，海盗出身的管带林怀仁，机智的率众跳入海中，获赶过来的狮子号救走，才幸免于难。
而天秤号的张来福就没有那么幸运，被吉野、津田的两艘日军战舰首尾包围一轮排射，轮机及蒸汽机被集中。
舰上众将士没来得及反应，船只自燃后断成两截，瞬间没入海底，天秤号管带张来福及舰上的两百余名士兵全部壮烈牺牲殉国，无一幸免。
同一时间，致远号被围剿，日军第三游击队的桥立号战舰先以鱼雷击中致远，后用速射炮一轮猛攻。致远中弹起火，管带邓世昌临危不俱，指挥全舰，奋勇抗御，发炮反攻日军。
以一抵四之下，致远号酣战良久，突然，遭到赶来的千代田号的300mm克虏伯大炮袭击，邓世昌中炮，颈部被碎片划伤，生死未卜。
致远火势愈烈，烟焰焦天，舰体逐渐向左舷倾斜，不久左舷舰首向水中沉下，在舰体己下沉的危急关头，致远官兵仍继续沉着应战，一直坚持到最后，舰首向东，左舷倾覆，最后在庄河黑岛南老人石海礁附近搁浅，全舰除昏迷的管带邓世昌及30多人获救外，近200多人以身殉国。
战争打到这个阶段，北洋舰队的超勇、扬威、广丙、致远、广甲先后沉没，济远遁逃，总共失去六艘战舰，战斗力大减。
虽然今世有了黑旗水师的加入，但清国水师还是处境不利，黑旗军水师被击沉两艘战舰，另外也有三艘受伤严重，迫不得已退出战斗。
由于北洋舰队的广丙、致远、济远等主要舰只的损失和遁逃，黑旗舰队的天秤、水瓶等五艘的沉没及退出战场，整个清国水师已经很被动。
大家不约而同的放弃主动向敌人进攻，从开始第一阶段的进攻转为防御，局面也由优势变为了劣势。
日本舰队方面虽然比睿、赤城、西京丸……等六艘战舰被击沉或退出战场。但这数艘战舰均系日军中最弱的战舰。
失去了弱舰，对日军舰队的战斗力影响不大，反而由于弱舰的退出，使得日本舰队无需再分散力量保护弱舰，实际上是减轻了负担，得以轻装上阵。
这样此消彼长之下，日本舰队则由第一阶段的劣势转为优势，战局的发展方向是变得对日本非常有利得的了。
天马号的李千千到这个时候才算真正清楚知道日本人的实力，在来之前，他可是拍着胸口跟沈狱说：此战定必等大获全胜。
现在看来，当初在台海战斗，日本人还是保留了大部分实力，李千千皱巴了下眉头呢喃：“吗的，小日本也会示敌以弱这招了。”
从刚才发生的战斗可以看出，黑旗舰队的战斗力还是不行，策略上也陷入了进退两难的境地，靠太近怕给敌军炮火袭击，靠太远又怕己方的炮火殃及到北洋盟军。
自午后开始，由于北洋舰队先后失去六舰，因而在战场上，坚持战斗的只有定远、镇远、来远、靖远、经远……等八舰。而黑球水师的十八艘巡洋舰，损失了五艘之后也只剩下十三艘了。
日本则尚有津田、吉野、高千穗……等十数艘强力战舰。双方军舰数量对比清国方还算占着优势。然而，日本舰队炮火力量超过北洋舰队很多，而黑旗水师也只可远远开炮。
清国水师的处境十分困难，到了这一步，大家都咬紧牙关。李千千知道，狭路相逢勇者胜的道理，不仅用旗语鼓舞黑旗舰队，而且还给北洋舰队的盟友发出信号，表明剩下的黑旗军战舰将死战不退。
定远、镇远收到信号，同样的用旗语回答黑旗军盟友，誓死抵御。这个时候，镇远被敌军舰五艘战舰团团包围，但上至管带下至士兵，人人并无惧色。
定远舰管带刘步蟾在北洋系中虽一直提倡议和，但真正上了战场后，表现却尤为出色，不但作战果敢，指挥灵活。指挥行船时刻变换，瞧水平确实比李千千高出何止一筹。
镇远管带林泰曾、大副杨用霖指挥镇远舰奋击突进，操纵自在，始终与定远保持着互相依恃的犄角骈列阵形。
李千千也率五艘巡洋舰在外围与敌军的五艘战舰舰周旋。在李千千的指挥下，黑旗舰队开炮极为灵捷，标下各弁兵亦皆恪遵号令。
李千千还是下了一个大胆的命令，黑旗军在接到命令之后，全部巡洋舰似乎陷入癫狂一般，迎着日军炮火，义无反顾的冲了上去。
快速前行的同时，天马号击中了津田号的底线甲板，但同时，黑旗舰队的飞鹰号船舱也中弹，火势东奔西窜，眼看就要沉没。
在这一刻，大家都抛开生死，舍身忘已的去迎击敌军，黑旗军中不断涌现出许多敢作敢为的英雄人物，这时，就在流星号上，正发生着一幕令人难忘的情景。
操炮手许由坐在mk系列的150mm巨炮后座上，正在瞄准之际，忽然日军一发炮弹袭来。许由腿部中弹，大腿的碎肉被炸得片片飞扬，血花四溅。然而，许由在开始痛叫几声之后，强忍住昏厥与疼痛，毫无惊惧的继续瞄准、装弹、开炮。
天马号炮术长的一个远方表亲安某，开战前来舰看访表兄，因战机迫切，没有来得及离开战舰。在征得表兄同意之下，服务配备于露台炮塔上。
安某热心勇猛，毫无惧色，战斗中，作为炮术长的表兄身负重伤，他扶入舱中，然后接过表兄的位置，继续战斗。
说也离奇，在该炮塔的人员，除安某外，无不伤亡，就这样，黑旗水师放弃了原有的优势，在敌强我弱的极困难条件下，继续与日寇各战舰相搏。
半个时辰过去，放弃优势的黑旗舰队受伤惨重，已经又有三艘巡洋舰沉没在黄海之上。在没有参加黑旗水师前，这些勇士大部分都是海盗及渔民，能做到这一步，真的让李千千刮目相看。
出发之前沈狱说过：这次的仗打得必定辛苦，你要作好心理准备。
但李千千真的没有想到会打成这样，现在他也是一门心思放在战斗上，心中除了渴望胜利之外，瞧着身旁的人不断倒下，他有一个信念，不仅要胜利，而且还要给黑旗水师留下点火种。
北洋舰队在黑旗舰队的舍命加入后，暂时没有再受到大的创伤。此时靖远、来远修竣归队，平远、经远、鱼雷各艇亦俱折回。
靖远号管带叶祖珪，帮带刘冠雄知定远桅楼被毁，无从指挥，遂主动代替旗舰定远升旗集队，战斗又一次陷入了绞着状态。
诸舰毕集，军威重振，集合后定、镇、靖、来、平、经远六舰相距各十米自由，鱼贯前行，尾追敌军战舰十余里，准备与敌再次交战。
今日战斗惨烈，时间悄悄流逝，时已日夕，暮色苍茫。日本舰队惧怕定远、镇远诸舰会合黑旗水师的巡洋舰炮火袭击，不敢再战。
开足马力向西南一带飞驶遁去，瞬息已远，北洋舰队和黑旗舰队也收队驶回旅顺，至此，历时五个小时的激烈海战，宣告结束。
黄海战役历时5个多小时，北洋水师损失广丙、致远、超勇、扬威、广甲等多艘军舰，死伤官兵约一千多人左右。
黑旗水师，损失比较惨重，来的时候总共十八艘巡洋舰，战斗最后，只剩下八艘。死伤人数比北洋水师还多，竟达一千二百多人，其他或伤或沉的还没有完全统计出来，但估计也够呛的。
日本舰队也好不到那儿，在最后阶段，在黑旗水师奋力一搏下，日军总共损失松岛、吉野、比睿、赤城、西京丸……等七艘战舰，伤亡人数在一千三百人次左右。
一场大战，大家都捞不到便宜，北洋水师退回旅顺、威海。黑旗水师回归台湾。日本海军也不像后世那样掌握制海权，退回了东京本部休养。
在历时近5小时战役中，可以看出日军指挥处置有方，战术运用得当，充分发挥了第一游击队航速高和舰炮射速快的优势，运用灵活的战术，始终掌握了战场主动权，损失比大清要少。
北洋舰队的战场指挥严重失误，丁汝昌采取极其不利于发挥机动与火力优势的阵法与战法。且交战不久即失去了对全舰队的统一战场指挥，加之火炮落后，因此舰队损失重大。
黑旗水师就更别提了，由临时临急拉过来凑数的海盗及渔民组成，李千千指挥能力算不错了，但带军经验明显不足，没能真正的发挥出黑旗舰队的快、准、狠等特点。
幸好，在最后，黑旗水师的官兵英勇顽强，在惨烈的战斗中，奋不顾身，临危不惧，表现了中华民族不畏强-暴、敢于和敌人血战到底的英雄气概。
同样的也应该表扬北洋水师，他们的爱国主义精神值得后人记取。或许沈狱的到来改变了原来的历史，邓世昌并没有牺牲，但致远号还是沉没了。
北洋的人这次是真的拼了，虽然也有方伯谦之流的逃跑，但这次战争，在鱼黑旗水师的同心协力下，还是保住了黄海制海权，这对华夏将来，势必有着决定性的影响。
世界诸强也非常关注今次海战，中日海军在此战中的战术和指挥实践，对世界海军的发展及海战理论，是产生较大影响的，当然这是后话了。
黄海一役，是海军发展到铁甲舰时代后的一次大规模海上碰撞，颇受世界各国海军人士的重视。北洋海军的两艘铁甲舰显示了防御能力的优势，厚装甲无一处被击穿，战舰依然是海军中不可替代的主力舰。
同时，黑旗水师的小号巡洋舰也让诸强中的有心人眼前一亮，在一些有心人眼里，虽然这些巡洋舰比不了镇远、定远的硬朗，但如果运用得当，那就是一支奇袭的最佳奇兵。
安装重型火炮的相对小型战舰在海战中效用不高。北洋海军在大口径火炮方面占优势，但射速较低。联合舰队各主力舰均装备了中口径速射炮，通过速射炮的密集炮火弥补了其大口径火炮的不足，而黑旗军的新式火炮射速比日军的更胜一筹，在战斗中亮点频频。
各国海军得出结论，海战中最重要的是阵型的整齐与协调。纵阵比横阵更适合发扬火力，联合舰队在海战中机动性占有优势，第一游击队编队平均航速达到15海里，海战中进退自如，始终掌握著选择进攻目标与时机的主动权。
海战结束，济远号管带方伯谦被以临阵退缩，致将舰队牵乱的罪名斩首，关于对方伯谦，沈狱在津门的时候就想告诉李鸿章：“此人不堪大用。”
但他想过之后，觉得北洋的事情，自己一个外人去插手，况且，自己说出话，李鸿章也未必肯信呢，倒不如少一事算了。
本来以为自己到来，有些蝴蝶效应令得方伯谦不会如以前那个历史一般，再度逃跑，谁成想，这厮逃跑就是习惯性动作。
这场历时五个小时，西方报纸大肆报道，称这为，近数十年欧洲各国所未有的海战大碰撞。但不可否认，无论兵力、时间及战斗的激烈，的确都算作是世界海战史上所罕有的。
在华夏，更一些有识之士开始总结、怀念、缅怀，甚至有些文人还写一些悼文，纪念那些为国战死的官兵们。
——若干年之后，许多人过上了快乐并幸福的生活，但人们每每想起甲午，都不会忘记那场决定华夏走向的“黄海之殇”。