内外交困的太皇太后，慑于元军泰山压顶般的武力威胁，最后与右丞相陈宜中商定，走议和乞降的路。她先派柳岳等三人前往伯颜的营中，主动提出称侄孙并纳币的屈辱条件，请求元朝罢兵议和，当场遭到伯颜的拒绝。
继而又派监察御史刘观杰再去伯颜营中奉表称臣，许诺每年进贡银二十五万两，绢二十五万匹，幻想用此沉重代价换取南宋朝廷残存一隅。伯颜对此退让非但不应许，反要南宋丞相亲自出面请降。消息传回临安，陈宜中唯恐被元军拘留北送大都，连夜逃往温州，使得南宋违约。伯颜大怒，命令元军进驻临安城郊三十里处的皋亭山，以示警告。
太皇太后任命文天祥为右丞相兼枢密使，都督诸路人马，与伯颜议和，但是文天祥却被伯颜所扣留。太皇太后无奈，她用小皇帝赵显的名义向元百拜奉表，自动削去帝号，改称为国主，派监察御史杨应奎带着宋朝传国玉玺三去伯颜营***手送上尚存的全部河山，宣告南宋偏安江南局面的彻底结束。
在元军进驻临安之前，风雨飘摇的南宋朝廷，匆匆忙忙进封吉王赵昰为益王，令他管福州；同时进封信王赵昺为广王，令他管泉州，二王在临安即将陷落之时，由驸马都尉杨镇等人护卫，逃出了京师，经婺州来到温州。想要对宋室斩草除根的伯颜获悉之后，派兵去追赶，没有结果而还。
临安沦陷后，南宋有一些不甘忍辱就范的文臣武将，得知益王、广王抵达温州，都怀着东山再起的心情前去投奔，陆秀夫就是在这时候辗转来到温州的。随后张世杰率领的一支水军也扬帆赶到，陈宜中出逃带来的船队，恰好又停泊在温州附近的清澳。
于是昔日宋室的这批重臣，如今又聚集在二王的麾下。陆秀夫和陈宜中、张世杰等人经过磋商，一致主张重建朝廷，再造乾坤。接着便在温州江心寺拥立益王为天下兵马元帅，广王为副元帅，同时发布檄文，昭示各地忠臣义士紧急勤王，光复旧国。正在这时，已经成为伯颜阶下囚的太皇太后，委派两名宦官带领百余兵丁前来温州，准备迎接二王回归临安投降元朝。陆秀夫等人不愿归还，扶持二王出海来到福州。
益王在福州正式称帝，改元景炎，是为端宗。同时晋封广王为卫王，并组成以陈宜中、张世杰、陆秀夫为首的行朝内阁，重整旗鼓，中兴朝政。福州政权的建立对南宋王朝来说，是复兴的希望，但是希望又十分的渺茫，朝廷当中，虽然有像陆秀夫这样的忠心耿耿、竭尽全力试图力挽狂澜的大臣，但更多的却是像陈宜中那样的无德无能之辈。
当时福州政权被人们称为海上行朝，只不过是流亡政府而已，建立之初臣僚之间尚能同心协力，但是很快就发生矛盾。外戚杨亮节以国舅自傲，居中秉权，张世杰与陈宜中议论不合；文天祥也因为与陈宜中意见不合，被排挤出朝廷；苏列义受压制，郁郁不得志；而陆秀夫更是有志难伸，处处受到陈宜中的排挤。
起初陈宜中认为陆秀夫久在兵间，知道军务，对他十分的看中，但是不久陆秀夫与陈宜中意见发生了分歧，陈宜中指使谏官弹劾陆秀夫，并将他免职。张世杰知道了，非常的不满，他就对陈宜中说：“现在是什么时候了，你动不动就罢免人吗？”不得已陈宜中又召回陆秀夫，但是由此可见益王的流亡政府已经不可能再有什么大的作为了。
元军进攻福州，张世杰等人率领十七万官军和三十万民兵，护送端宗及卫王登船入海，驶向泉州。当时泉州权势最大的是阿拉伯籍富商蒲寿庚，此人寄居在中国多年，还取得了宋朝市舶使的官职，掌管检查出入港口的外商船舶，征收关税，收购朝廷专卖品和管理外商等项事务，他控制大量的海船，独霸当地海上贸易。
端宗一行人在泉州停泊后，张世杰急于扩充皇室的实力，下令强取蒲寿庚的海船和资产，因而激怒了蓄谋降元的蒲寿庚，使他加快了反宋的步伐。因为行朝无力与他纠缠，只好离开泉州，取道潮州去惠州的甲子门，又转移到浅湾。
陆秀夫有时在朝会进行中，他会潸然泪下，用朝衣拭泪，衣服都沾满了泪水，左右大臣看了没有不悲痛的。但是宋朝还是一步一步走向灭亡，地方上虽有文天祥、李芾等人进行极其艰苦的抗元斗争，但由于势单力薄，大都无所作为。
元世祖忽必烈得知南宋海上朝廷还没有被剿灭，仍在福建、广东沿海出没，便急令塔出、李恒、吕师羹等率领步卒越过大庾岭，忙兀台、唆都、蒲寿庚、刘深等人率领舟师入海，双管齐下，南剿行朝。刘深攻浅湾，张世杰迎战不利，于是与陆秀夫护卫端宗去井澳，陈宜中见形势紧张，临难脱逃，远走占城。
十二月，飓风袭击井澳，雨骤涛狂，桅断船翻，士兵溺死过半。端宗及诸臣的座船虽然得以幸免，但也是险象丛生，致使端宗惊悸成疾。飓风过后，张世杰、陆秀夫等人忙于率领部队收拾残局，刘深乘隙指挥水师跟踪追击，行朝又被迫向珠江口外的谢女峡仓皇转移。
经历了百余日海上颠簸的行朝，终于找到一个有机会喘息的落脚点冈州，然而平地又起风波，十一岁的端宗突然在四月病死。这在一些官兵看来，是海上朝廷寿命已尽的不祥之兆，为了避免与行朝同归于尽，他们要求各自寻路求生。
就在这树倒猢狲散的严重关头，陆秀夫挺身而出，大义凛然，鼓动众人：“端宗驾崩，卫王还在。当年少康能够凭借五百人马、十里方圆中兴夏朝，难道我文武百官不能依靠数十万兵民、万顷碧海复兴大宋王朝三百年的基业吗？”
在陆秀夫鼓吹的中兴精神激励下，群臣个个情绪激昂，纷纷表示誓死复兴大宋王朝。接着陆秀夫又与群臣商量立卫王为帝，由杨太后垂帘听政，陆秀夫便在此危难之际，受命接任左丞相，与张世杰力挽狂澜，共撑危局，又在戎马倥偬中将行朝转移到崖山。
崖山在今广东新会南八十里海中，与奇石山相对，势如两扉，周围潮汐湍急，舟行艰难，是一处可据险固守的天然堡垒，因此被行朝所选中。船队靠岸之后，张世杰、陆秀夫立即派人进山伐木，在岛上建造行宫三十间，军屋三千间，供君臣将校栖身。剩下的二十万士兵，继续留在船上生活，为了迎接意料中的殊死搏斗，又命令随军匠人修造舰船，赶制兵器。
元将张弘范回到大都向忽必烈述职，他在奏疏中说道：“张世杰立卫王为帝，闽、广百姓奋起响应，倘若不能及时剿灭，势必酿成大患。”
忽必烈对此深以为然，当即委任张弘范为元帅，并赐尚方宝剑，命令他全力进剿。张弘范推荐李恒为副帅，又亲临扬州点将，发水陆精兵二万人，分道南征，张弘范带领着舟师由海路袭击漳州、潮州、惠州，李恒率领步骑出梅岭攻击广州，处心积虑缩小和切断沿海陆地与南宋海上朝廷的联系。
张弘范率领舟师进攻崖山，这时有人向张世杰进言：“元军已经用战船堵塞海口，使我军进退两难，不如尽早突围，另选择途径登陆，即使不胜，也有回旋的余地，尚可以引兵西走。”
张世杰深知士卒久居海上，战事艰苦，军心浮动，一但登陆，难免溃散，于是回答说道：“我军连年疲于海上奔命，何时方休？不如趁此时机与元军一决胜负。”
随后毅然下令焚烧岛上行宫军屋，全部人马再度登船，然后依山面海，将千艘战船用粗大绳缆连结成一字长蛇阵，又在四周高筑楼橱，宛如城堞，将幼帝赵昺的座船安置在中间，诏示将士与船舰共存亡。
崖山北部海面水浅，大船行驶极易触礁，张弘范便调舟师迂回到南部海面水深处，与张世杰的水军接战，同时断绝行朝运输淡水的通道。张弘范发现宋军战船集结，游弋不便，就用数艘轻舟，满载膏油柴草，乘风纵火，妄图火烧连营，一举取胜。
没有想到张世杰早有准备，事先已在船舰上厚涂醒泥，井缚以长木伸向前方，致使元军的火船无法接近，火攻失灵。张弘范无奈，增派舟师围困海口，害得宋军连续十多日以干粮充饥，用海水解渴，疲惫不堪，纷纷病倒。这时李恒率领部队从广州赶到崖山与张弘范会师，张弘范命令他控制崖山北部海面，准备南北夹攻。
二月初六拂晓，彤云漫天，风吼海啸。元军选择这样一个恶劣的天气发动总攻击，意在先从精神上压垮疲惫不堪的宋军。
在交战之前，张弘范把元军精锐分成四路，自己亲率一路。在向将校部署出击路线时，他说：“宋军舰船停泊在崖山的西面，涨潮之后必然向东漂移，我军要趁此有利天时发起猛攻。各路舟师以帅船鼓乐为号，闻风而动，不得有误，违令者斩！”
随后由李恒带领一路舟师，乘早潮退去、水流由北向南的时机，顺流对宋军进行试探性的攻击，以求宋军暴露强弱虚实，张世杰率领部队英勇抗击，双方火拚厮杀，几经较量，未分胜负，到了中午，潮水猛涨，宋军船舰果真往东移。
张弘范见时机已到，便命令帅船大奏鼓乐；张世杰不知道这是元军再次发动攻势的信号，误以为是敌船官兵在战斗间隙饮酒作乐，所以未加戒备。不料元军竟在鼓乐声中从南北两面同时冲杀过来，迫使宋军腹背受敌，仓促迎战。
由于连年海上劳顿，宋军不得休息，士卒的体力大都衰竭，突然间遭到凌厉的攻势，士气很难振作，倘若在此时有一环瓦解，整个防线就会全部崩溃。就在这关系南宋命运的决战中，不幸的事情终于发生了。
在元军各路舟师的强攻之下，宋军的船队中突然有一艘战船的桅顶绳断旗落，顷刻之间，许多舰船的樯旗也随之纷纷降落。张世杰见旗倒兵散，大势已去，连忙调集亲兵砍断船缆，准备轻装冲开血路，杀出重围。
时近黄昏，风雨大作，咫尺之间，景物难辨。张世杰趁着海面混乱，让人驾轻舟去幼帝赵昺的座船，接他脱离险境，以便寻找机会安全转移。一直在船中观察着战况的陆秀夫面对此景，知道事已不可为，深恐奸细乘机向元军卖主邀功，又担心轻舟难以躲避元军星罗棋布的舰船，招致南宋末帝被俘，因而断然拒绝来者的请求。
但他也知道赵昺的座船笨重，又与其他舰船环结，行驶艰难。陆秀夫估计已经无法护卫幼帝走脱，于是便当机立断，决心以身殉国。他盛装朝服，先是手执利剑，催促自己结发的妻子投海，继而又劝说赵昺。
“国事至今一败涂地，陛下当为国死，千万不要重蹈德佑皇帝的覆辙。德佑皇帝远在大都受辱不堪，陛下不可再受他人的凌辱。”说完，陆秀夫背起九岁的赵昺，又用素白的绸带与自己的身躯紧紧地束在一起，然后一步一步地走向船弦，踏上了从临安到崖山的最后里程、水天一色的茫茫大海。
杨太后听说帝昺死去，悲痛欲绝，随即也跳海而死，之后随同跳海殉国的朝廷诸臣和后宫女眷少说也有十多万人。
张世杰久候不见接迎赵昺的轻舟归来，便知凶多吉少，于是果断突围，在夜幕下夺路而去。数日以后，许多死里逃生的将士，又驾驶船舰集聚在张世杰的座船周围，停泊在南恩的海陵山脚下。他们当中，有人给张世杰带来了陆秀夫背负赵昺共同殉难的噩耗，张世杰悲痛不已，正在这时，不幸之中又遇不幸，飓风再次来袭。
船舰将士劝他上岸暂避，张世杰绝望地回答：“无济于事了，还是与诸君同甘共苦吧。”
随后他迈着沉重的脚步，艰难地登上座船舵楼，痛苦地俯视着在风浪中飘摇的宋军残船，焚香祷告上天说：“我为赵氏江山存亡可说是鞠躬尽瘁了，一君身亡，复立一君，如今又亡，大宋从此再无君可立了。我在崖山没有殉身，是指望元军退后再立新君，光复宋朝江山。然而国事发展如此令人失望，难道这是天意？”
张世杰说到此处，突然堕身入海，滚滚波涛又接纳了一代英杰。崖山之战终于以宋军的彻底失败而告终，它标志着流亡政府的最后崩溃，也宣告了历时三百二十年的宋朝最后灭亡。
崖山战事结束后，张弘范自鸣得意，派人在厘山北面的石壁上，刻下了“镇国大将军张弘范灭宋于此”十二个字，妄想功垂千秋。但是中原和南朝人民却反其道而行，尽管在元朝的高压统治之下，人们敢怒不敢言，心里却时刻思念着陆秀夫，每当看到崖山，都情不自禁地默诵着：“大宋左丞相陆秀夫殉难于此。”
元朝灭亡以后，人们为了表达前辈和自己的心愿，怒不可遏地将当年颂扬张弘范的刻字铲掉，改刻“宋丞相陆秀夫死于此”九个大字，用以永远纪念这位临难受命，壮烈殉节的名臣。
陆秀夫是历史上伟大的爱国者，他受命于危难之际，殚精竭虑，颠沛流离，试图力挽狂澜，维护大宋江山，可是腐败的南宋王朝又岂是个人的力量能挽救得了的呢？他最终以自己的忠节之举报效了国家，他的努力虽未能重扶正倾的宋室，但他忠心报国的爱国精神可歌可泣。