洪武二十五年太子朱标病死，朱元璋立朱目标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因为生性颖慧好学，性至孝，而深得朱元璋的喜爱，称赞他：“而诚纯孝，顾不忘我乎。”
不过对于这位仁柔少断的皇太孙将来要继任帝位，朱元璋并不十分的满意，曾经一度打算更换太子，后来因为翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。
洪武三十一年，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。在临终前，朱元璋立下遗诏：“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。”
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王入临、会葬，但是燕王朱棣仍然直奔京城建康，朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，命令朱棣返回燕京，对此朱棣十分的不悦。
当时镇守北部边疆的诸王已经有很大的权势，宁王朱权带甲兵士八万人，革车六千辆，燕王朱棣更握有节制沿边兵马的重权，朱允炆却对这些皇叔们感到忧心忡忡。
朱允炆即位不久，燕王朱棣即派遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆于是向葛诚密问燕王府的事，葛诚如实禀告，于是派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。
随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔的身份，径直走皇道入宫，遇到陛下不跪拜。监察御史曾凤韶弹劾他不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王智虑绝人，建议将他徙封到南昌，但都被朱允炆以骨肉至亲，婉言拒绝了。朱棣察觉到朝廷对自己怀有贰心，回到燕王府后，便托辞患病，以静观事态的变化。
于是建文帝与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商量，齐泰、黄子澄以诸王权势过大，恐怕难以驾驭为由，力主削藩。这个刚登基没几个月的年轻皇帝有着雄心壮志，他一心想削弱诸位皇叔的权力，以此巩固自己的政权。
朱允炆本性慈善，喜欢儒学，崇尚文治，向往儒家的仁政，而乱世中崛起的明太祖朱元璋则是以强权、重典治国。建文帝对于祖父重典治国所造成的社会压抑气氛深有体会，所以登基后着手改革整顿，力图创造出祥和的社会氛围。
然而建文帝太年轻了，他不但书生气十足，而且性格腼腆，不像他的祖父辈们是从战火中锻炼出来的，因此缺乏做皇帝必备的勇气和果敢，再加上是匆忙之间被立为储君，所以对于治国之道懂的不多。继位后虽然他很努力地进行改革，但朱元璋严刑峻法留下的负面影响并没有因此而缓和多少。
朱元璋为了确保对分封诸王国的控制，在《祖训录》中制定了一系列约束诸藩王行为的规章制度。其中有一条这样的规定：在新皇帝登基后的三年时间内藩王们不准来朝廷，只能留守在藩王国；不过如果朝廷奸臣当道，诸王可以集结自己的兵力，以便随时听候新皇帝诏令，但在完成驱逐奸臣任务以后，仍要立即返回封地。
明太祖对后人们下了严厉的警告，严禁他们对训示有一丝一毫的改动；如果有任何违犯者，甚至皇帝本人，他们也可以群起而攻之。本来朱元璋分封自己的儿子们前往各地为王，目的是让他们作为皇室的屏障，抵抗外部侵略或是镇压内部叛乱。可是这些藩王因为被赋予了很大的权力，手里又握有重兵，很快就成了新皇帝朱允炆的心腹之患。
其实削藩本来没有错，错的是建文帝朱允炆削藩方式不对。就在建文帝登基这一年，刚刚处理完朱元璋丧事的他，便派出一支军队奇袭了周王朱楠的封地开封，把朱楠逮捕起来，废为平民发往云南，藩王们被这种像对付叛徒一样严厉的手段惊的惶恐不安。
周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人。
削齐、湘、代三位亲王，废为庶人，湘王不堪受辱，为了保名节举家自焚；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人。
代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱欂以及岷王朱缏，撤销他们的封国，仅仅一年的时间，五个举足轻重的藩王就被收拾了。这种暴风骤雨般的处置方式，让其他藩王人人自危，封地在北京的燕王朱棣也感到心惊胆战，深知自己被处置的那一天就快要来了。
燕王朱棣本来就对朱元璋把皇位隔代传给孙子怀恨在心，建文帝削藩更加速了他夺权的进程，朱棣听从了下属的劝告，终于下定决心铤而走险。然而起事是需要时间准备的，不可能立即起兵，这时令人疑惑的事情出现了，建文帝在对燕王的处置上表现出了优柔寡断的一面，以至于错失良机。
他派人秘密监视燕王的行动，燕王得知后，就假装精神失常，整日装疯卖傻、胡言乱语。在此之前建文帝使用严厉手段处置的那些藩王，都是因为那些藩王确实有一些违法乱纪的事情，使得他出师有名。可是他却没有抓住燕王朱棣的任何把柄，而燕王朱棣反而因为镇守边疆还立有大功。这时他又得到这样的汇报，建文帝更加犹豫不决，有些于心不忍。
因此对朱棣处置迟迟没有下定决心，就在建文帝犹豫不决的时候，朱棣也没闲着，开始招兵买马，制造武器，训练士兵。后来经过朱棣的苦苦请求，建文帝竟然把朱棣作为人质的几个儿子给放回去了，这样就失去了最后的筹码。
按照朱元璋设计的制度，由皇帝、藩王、外戚、驸马组成的家天下体制，应该能够在权力、礼法和亲情的共同作用下稳固地支持大明王朝的江山。
然而文弱的侄皇帝与身边的书生们未能掌握制约桀骜不驯的叔王的办法，朱元璋最初设计的制度终于酿成大祸。在这场战争中，皇亲国戚们纷纷参战，投向不同的两个阵营。
为了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后又命都督宋忠屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队。
燕王朱棣见到几位藩王先后被削，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。为了争取时间，朱棣先装病，使惠帝放三子回北平；之后由于属下被朝廷处死，于是装疯。
但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷燕王装病，朱棣装疯被发觉。而心中早已对父皇册立自己的侄子为太孙而继位有所不满，便立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣，于建文元年七月起兵反抗明朝中央政府。