一声锣声响起，燕兵纷纷跃起，平安所率领的明军知道中计，掉头就走。平安亲自率领三千骑兵奔亡于北岸，燕王朱棣仅以数十骑人马，横挡住平安的去路。
平安的手下有一员蒙古族勇将名叫火耳灰，先前也在燕王的手下为将，入侍京师数年，被建文帝派到平安手下充当主力。火耳灰识得燕王的面目，手执长槊就向朱棣奔来。
朱棣的手下燕将童信一箭射中火耳灰的坐骑，燕兵生擒了火耳灰。火耳灰的部下曲哈三贴木耳也很勇猛，见主将被擒，立刻策马杀到，又被燕军射落马下生俘。明军见状惊恐，大败而去。
当晚，朱棣释放火耳灰等人，并以这些憨厚忠勇的蒙古人为贴身侍卫。诸将劝他小心，朱棣不听，北方人质地鲁钝朴实，朱棣看准了这一点，故而用人不疑。朱棣挥师临淮，大破明军的后勤部队，明兵部尚书铁铉率领部队迎来，与燕军交战，在危急之间，朱棣幸得火耳灰等蒙古侍卫的护翼，有惊无险。
明将平安在小河南岸扎营，燕军于河北岸驻营，各自准备后，双方于清早交战。
混战之间，平安左刺右杀，在北阪和燕王朱棣的马头相对，此时平安也顾不得莫伤朕叔父的诏令，举槊急击，数次差点刺中朱棣。遇见对方动真格的，朱棣身手再好，心中也十分的慌张。幸亏燕军蕃骑指挥王骐赶到，跃马直冲平安，平安的坐骑又蹶了一下，朱棣才逃过一命。
双方大战一整天，各有死伤，于是明军驻守桥南，燕军驻守桥北，相持数日。过了不久，明军粮尽，燕兵乘机袭击，恰巧明将徐辉祖的军队到达，双方又大战于齐眉山，自午至酉，胜负相当。
在乱战之中，燕将王真、陈文、李斌等人都临阵被杀，诸将心生恐惧，纷纷劝朱棣：“我军深入日久，暑雨连绵，淮土蒸湿，疾疫多发，不如回军到小河之东，休息兵马，再作打算。”
朱棣坚持前进，他说：“兵事有进无退，现在我军胜势已见，如果反而掉头北返，军心马上解体。”众人之中，只有郑和坚决站在燕王一边，苦劝诸将再做坚持，莫生退心。
建文朝臣探知消息，知道燕军正在苦撑，败象已经显露，就劝建文帝说：“燕军很快就要败北，京师不可无良将。”
建文帝不知兵事，马上下诏召回徐辉祖军入卫京师，这样一来，小河战场只剩下何福所率领的一支孤军与燕军相持。双方对垒期间，燕王朱棣命令军士进行休整，广赐财物，以收买军心。明军由于畏战，往往掘堑作垒为营，军士白日黑夜都不得喘息，人力虚疲，往往真到了作战的时候就全无体力。
由于日久缺粮，明将何福下令移营到灵壁就粮，当时明将平安师骑兵六万人，护送大量运粮兵车前往何福的营中。朱棣侦知消息后，派精兵一万多人阻挡平安援兵，并派朱高煦伏兵在林间，等候双方混战后明军疲惫时忽然杀出助战。
燕王朱棣安排妥当之后，率师迎战，两翼骑兵扇形排开，直杀明军运粮援兵。平安引军突然到达，截杀燕兵一千多人，朱棣见状，连忙命令步军纵击，横贯明军的大阵，截断明军。明将何福见仗已经开打，也率军出壁而战，与平安合击燕军，又杀燕兵一千多人，燕军小退却。
朱高煦见双方打得火候差不多了，趁明军喘息之际，忽然率领生力燕军加入战斗，朱棣又率领后退的燕兵急转身，一齐掩杀明军。何福等人大败，杀伤一万多人，丧马三千多匹，燕军尽获明军的粮饷。
何福所率领的明军逃入营垒后，饿得双眼发青。众将集合议事，决定隔天突围，听闻炮声即开门冲出。没等到天亮，朱棣已经指挥大军进攻明营，诸将先登，兵士蚁附。燕军发射三震炮，何福部下明军误认为是自己军营突围的炮号，争相推开营门冲出。营门一时堵塞无法逃出，明军自相践踏，人马坠入壕堑，深沟满满都是人马，燕兵乘势大击，明军一败涂地。
此战除了何福一人侥幸逃脱之外，由于营中驰马不便，大将平安、陈晖都多名明将皆被燕军生擒，至此明军主力几乎丧失大半。
看见被捆绑押入大帐的平安，燕王朱棣笑声问道：“淝河之战，你的马愚钝，何以遇见我？”
平安朗声大言：“刺杀殿下如摧拉腐朽之木。”
面对如此忠贞不屈之士，朱棣本人也不得不心生赞叹：“高祖皇帝培养的好壮士。”命人送平安于北平关押，未加以杀害。
平安，安徽滁州人，小字保儿。他的父亲平定从太祖朱元璋起兵，与大将常遇春进攻元大都时战死。平安当初做过朱元璋的养子，骁勇善战，力大无比。他以列将征燕，多次击败燕军。
燕军有一勇将王真，朱棣常夸示人说：“诸将奋勇如王真，何事不成。”
淝河之战，平安单骑挑战王真于马上，勇冠诸军。因此燕军见平安被擒，军中欢呼动地，纷纷大叫：“我们从此就安全了！”
朱棣为了收买人心，当时把平安械送到北平。他称帝之后，还假惺惺以平安为北平都指挥使，不久就改授后府都督佥事的虚职。永乐七年，朱棣巡视北京，快进入城时，见章奏中还有平安的名字，对左右说：“怎么平保儿还尚在啊？”平安闻讯，知道朱棣仍怀疑嫌猜，马上自杀身亡，朱棣外宽内忌，由此可见一斑。
从此明兵情势急转直下，本来十万明兵从辽东赶往济南想与铁铉合军，走到直沽就被燕军截杀，主师杨文被擒，没有一个人能到济南。辽东明军之所以迟迟赶到，主要是朱棣约好鞑靼兵不断骚扰边境，牵制了辽东的明军，可见朱棣还是个卖国嫌疑的反贼。
燕兵至泗州，守军不战而降。朱棣列大军于淮河的北岸，明将盛庸拥有数万兵于南岸。燕兵又施以奇袭，这群惯于骑马的北方兵竟能先派数百人乘小舟先入南军舰队中放炮，屡战屡败的南军惊骇至极，弃舰而逃。燕军乘胜追击，当天就攻克盱眙，直趋扬州。
扬州守将王礼等人暗中通款燕王，把主管江淮的监察御史王彬捆住，大开城门投降。接着燕兵又降高邮、克仪真，此时长江之上，遍插燕王大旗的巨舟往来穿梭，旗鼓蔽天。
金陵城内，大臣们见势头已变，各自心怀鬼胎，都以守城为名求出，致使都城更加的空虚。情急之下，建文帝派燕王堂姐庆城郡主入燕营请和，答应割地，与燕王中分南北，划江而治。事到如此，朱棣当然不干，婉言拒绝。
建文帝着急，忙问方孝孺：“如今怎么办？”
方孝孺是书生，只能回答：“长江可挡百万兵，江北船已经派人烧尽，北师岂能飞渡长江？”
燕军大集合，于浦子口向明军发起攻击。明将盛庸与诸将逆战，竟然也击退燕军，又赢得一次暂时的胜利。
至此，朱棣想与侄子议和北还，估计天气溽热，朱棣自己也有些顶不住了，毕竟已经得到了一半的国家，想先回北平休整一下再图后举。假如此次朱棣回北平，后来的事情还真的难以预料，大胜大败，谁也说不清楚，况且建文嫡孙嗣位，正朔所宗，军心民心，道德的力量无比巨大，会在一夜之间可能突然令燕军兵败如山倒。
在这节骨眼上，朱棣能战惯战的儿子朱高煦率生力军赶来，见此不由得不使朱棣大喜过望。他一跃而起，全身贯甲，抚着朱高煦后背说：“加油吧！世子他的身体不好。”
言外之意是要把继承权传给朱高煦，有了这一句话，朱高煦像是活人被打强心针一样，铁了心死战。建文帝本来派都督佥事陈喧率军增援盛庸，不料陈喧径直坐船过江投降了朱棣。
于是朱棣装神弄鬼，祭祀大江之神，誓师渡江。燕军舳舻相衔，旌旗蔽空，金鼓大震，当日天气万里无云，水平如镜，虽然盛庸水军沿江列舰二百多里，但是明军看见燕军如此的盛势，皆大为惊愕。仗未开打，明军心理上已经输掉了。
燕军乘船迫岸，首先直冲盛庸的主营，盛庸的军队崩溃，燕军追奔数十里，最后杀得盛庸单骑逃遁，其余将士皆解甲投降。明军舟师如此之众，竟然不战而降，可见燕军的军威已经非同小可。
盛庸逃跑后，朱棣不久即攻下金陵称帝，盛庸以余众投降，奉命驻守淮安。不久，建文帝的兵部尚书铁铉被擒获，朱棣马上命令盛庸退休，很快朱棣就派人诬告盛庸怨望有异图，逼迫盛庸自杀。朱棣起兵后屡战屡捷，但多次败在盛庸和平安两将之手，因此一直记恨在心。
抢渡长江之后，燕军又攻下镇江的咽喉要地，直奔金陵杀来，当时本来凤阳还有留守军队数万兵，但是守将认为中都不能轻弃，死心眼固守中都。驸马梅殷在淮安也有数万兵，也因为消息隔绝，不知所为。
建文帝到了这个地步，惊惶忧郁，天天徘徊殿庭之间。不久，他招方孝孺问计。方孝孺只是一个大儒，军事根本不是他所擅长的，他只能在朝班上抓住李景隆，说道：“坏陛下大事的人，是这个人。”请建文帝下令杀掉他。
群臣班中共冲出十八人，都气得咬牙切齿，愤怒之下，争相上去拳打脚踢，差点把李景隆当众打死。