胤禛在争夺帝位的过程中，八王党和十四阿哥党结为朋党，成为他最大的竞争对手，所以他对臣下结党最为记恨，而年羹尧几乎没有遮掩地提拔自己的亲信。最让雍正忌讳的是，皇九子胤禟被软禁在西北，交由给年羹尧管理，年羹尧却上奏说胤禟颇知收敛，这显然是在为其他皇子说好话了。
虽然这方面雍正给了他一些特权，可是年羹尧却误解了雍正施恩的真正意图。如果不及早地清算他们，必然让更多产生误解的臣僚，加以追随，到那时形势就会更加严重，可是此时惩治年羹尧的时机还没有到来。
年羹尧当时官至川陕总督，几乎总揽西部一切事务，实际上成为雍正在西陲前线的亲信代理人，权势地位在其他总督之上。整个西北，甚至青海、西藏都属于他管辖范围内，在年羹尧的奏折中，就有十八路大军由臣调遣。仅仅是骁骑营、火器营、护军营，就有三万六千多人。
年羹尧手握如此军权，节制五省军务，举国战斗力最强的部队都在那里。而且平定了西北的叛乱后，却依然手握大将军帅印。雍正此时惩治年羹尧，可能会使他带领精锐部队倒戈造反，挥师逼宫。
雍正还没有想到办法削去年羹尧的兵权，此时年羹尧又给雍正来了个下马威。原来京城中流传这样一个流言，说雍正奖励年羹尧的军功，都是听了年羹尧的话，这话是什么意思呢？也就是说雍正是没有主见没有主意，这些话大大刺伤了雍正的自尊心。这些流言让他忍无可忍，终于动了除掉年羹尧的心思。
此时己经是雍正三年，政局也稍微稳定，随着年羹尧的边关大捷，外患己经消弭，以胤祀为首的八王党逐渐失势，皇权更加的稳固了。正当雍正苦思冥想，为惩治年羹尧找理由的时候，年羹尧自己将把柄送到了雍正的手里。
雍正三年二月，天空中出现了日月合壁、五星联珠的所谓祥瑞，群臣称贺，年羹尧也上贺表，称颂雍正夙兴夜寐，励精图治，谁知这个表竟然成了年羹尧大不敬的理由，年羹尧的贺表中字迹潦草，又把朝干夕惕写成夕惕朝干。
雍正抓住这个把柄后，说年羹尧本来不是一个办事粗心的人。这次是他自恃己功，显露出不敬之意，所以对他在青海立得战功，也在朕许与不许之间。雍正在这封朱批奏折中，正式向年羹尧开炮。而就在一年前，雍正就己经对年羹尧发出了警告。
雍正二年，年羹尧进京觐见，在赴京途中，他让直隶总督利瓦伊钧、巡抚范时捷等跪道送迎，公卿跪接于广宁门外，年羹尧安然坐在马上经过，看都不看一眼，王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已。还有更甚者，他在雍正面前盘腿而坐，没有臣子该有的礼节，态度也十分的骄横。
年羹尧结束陛见回任后，接到了雍正的谕旨，在这个朱谕中，雍正改变了过去嘉奖称赞的语调，警告年羹尧慎重自持。结果雍正万万没有想到，年羹尧不仅不知道悔改，还不把朝干夕惕四个字归于雍正。积攒了多年的怨气，终于在这一刻暴发了。
当然雍正清楚要杀年羹尧并非易事。于是处理年羹尧采用了肃清外围，制造舆论的办法。先是在雍正三年二月，暗示各地与年羹尧有过工作关系的军政要员，要切断与年羹尧的联系，甚至写密折告知大家，年羹尧曾经说过他们的坏话。
四月年羹尧被解除了川陕总督的职位，调任杭州将军，由他的部下岳钟琪继任。五月后又鼓励文武大臣检举揭发年羹尧，官员们揣摩圣意，纷纷上奏年羹尧的各种罪行。最终在雍正的授意下，总结出九十二条大罪，惩治了年羹尧。
雍正在给年羹尧谢恩的奏折中这样写道：“朕实在是心寒之极，看此光景你并不知道感激上苍，朕若负你，天诛地灭；你若负眹，不知上苍要如何发落你呢？”
年羹尧犯的这九十二条罪状按照清律，应服极刑及立斩的就有三十多条。但是雍正念在年羹尧的功勋卓著，威名举国皆知。如果将他斩首，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名。于是他表示开恩，令年羹尧狱中自裁。而在年羹尧自裁后，整个年家，除了年羹尧的父亲哥哥被夺官职外，族里十五岁以上男丁全部流放。
“朕就是这样汉子，就是这样秉性，就是这样皇帝，尔等大臣若不负朕，朕再不负尔等，共勉之。”如此真性情的话，出自雍正给他所器重的河南巡抚田文镜的朱批奏折。
雍正是一位改革强人，他确实很强。摊丁入亩、耗羡归公、设养廉银、整顿吏治、严打贪腐，为后继的乾隆朝留下了较为充裕的国库储备、廉洁清明的吏治环境。但这些并不因为他天生就爱财、爱抄家。
雍正继位前，康熙末年已经遗留下来诸多问题。不可否认康熙一生勤政爱民，但是晚年锐意退减，但宽仁之下，问题多多。康熙末年，灰色地带陋规横行导致重耗害民、败坏吏治，财政严重亏空。
火耗本意是银子遇火重铸时的损耗，地方官征收钱税时，会以耗损为由，多征钱银。由于清朝常年低俸，火耗成为官员们重要的灰色收入，但是各地没有统一的标准。虽然不合法，但是现实迫使，地方如果没钱但又要做事，所以康熙也是默认了。
虽然火耗又透过捐俸、节礼、部费等方式分配出去了，但是仍然造成国库亏空，同时造成收贿受贿、贪腐严重。康熙六十一年户部共亏空银二百六十万余两，地方亏欠一千多万两。国库只有存银八百万两。
在财政压力下，雍正采用了山西巡抚诺岷的建议，决心开始耗羡归公的改革，把灰色收入变为正项收入，禁止节礼、部费、捐俸等陋规，同时设置养廉银来稳定地方官员，不再私征贪污。
到雍正八年，国库存银达到六千二百万两。国库只是国家财政的一个晴雨表而已，即使看起来多，也并不意味着一定是好。但是当时雍正有勇气改变前朝遗留下的的问题，破数千百年牢固之积习已然是值得学习，而这也是不得不改的。
改革中的不得已，不仅体现在迫在眉睫要做的事情，看似大刀阔斧之举，更多是历史发展趋势的必然。比如改土归流的改革，这是中国历史发展到清朝的内在要求，不断的往外扩张，十八世纪的时候，内地和边疆的地区交流融合是一种必然。还有摊丁入亩，这项改革就是取消整个中国传统社会长期征收的人头税。
从个人特质上看，雍正本人责任感和使命感超强。雍正可能真的没有意识到他父亲会传位给他，对康熙的托付，倍感责任重大。他登基时已经四十五岁了，同时也有一种紧迫感，所以也有可能鞭策他成为中国近代皇帝中最精勤的一位，改革的决心可见。
还有一种说法是，蛮夷不过百年之说让雍正也倍感压力。前有元朝不到百年，清朝入关以来到雍正即位已经七十九年，再过二十一年就到了百年，这可能对他的刺激比较大，有一种责任感。
雍正扩大和完善奏折制度，这是皇帝和官员之间最直接、最私密的沟通方式。虽然康熙时已有，但在雍正朝时极尽发达。有人称，此为天下第一痛快书恐怕也不能算错。奏折制度，主要是扩大了皇帝的信息来源，使官员互相监督，从而监督百官。雍正可以利用奏折推行自己的改革方针，甚至利用奏折孤立政敌、消除异已。
透过雍正的奏折，他非常的善用人才，与一些官员推心置腹的交流，也利于他们对朕更加的忠诚，同时这些人也是非常有能力的。如河南巡抚田文镜、军机大臣张廷玉，以及之前曾为雍王府服务的浙江巡抚李卫，都是他非常器重的人才。
而当朝野上下，权力归于皇帝一人，大臣的言行似乎都在雍正的观察之中。自古勤政之君，没有人可以及雍正。雍正曾在奏折中说：“朕虽然日理万机，而对大臣的家事尚能办理。”
用心做个皇帝，着实不易。但他真的有时间吗？其实有了一系列加强中央集权的制度保障和人才的拥护，雍正生活中还是非常有品位而悠闲的。如在圆明园当中划船，监督造办处给圆明园做个紫檀木雕九龙边钩泥金铜镀金匾，或者径八九寸，上开口径二三寸，肚内安插花管，高二三寸，径三四寸的圆球瓶等。皇帝的生活之讲究不是当下可比的。
当然雍正改革的动机和成效，也不是没有可质疑的地方。比如秘密立储制度真的那么好吗？
康熙有三十五个儿子、二十个女儿，所谓九龙夺嫡的斗争不但让四爷心有余悸，同时也造成了严重的朋党问题，这一直困扰着康熙帝。雍正继位后，没有按照嫡长子继承制走，而是设立秘密立储，避开了嫡庶之分。
但是这样以皇帝的看法为标准，认为谁能，就将来有可能继承皇位的。制度就很好吗？如果道光选择奕昕而不是咸丰帝奕詝，那是不是就没有慈禧。但是没有慈禧，中国近代史是不是就会改写？历史不能被假设。
再比如打击朋党，其实是为了打击政敌？雍正打击年羹尧、隆科多等朋党队伍，是为了打击政敌，因为这些人知道他继位的真相？无论怎样，朋党之争对于皇权来说绝对是一种威胁。他希望所有的人是天子门生，即使他们的利益各不相同。